以后则竟称内阁矣。其在六部，自成化时，周洪谟以后，礼部尚书、侍郎必由翰林，吏部两侍郎必有一由于翰林。其由翰林者，尚书则兼学士，六部皆然。侍郎则兼侍读、侍讲学士。其在詹事府暨坊、局官，视其品级，必带本院衔。詹事、少詹事带学士衔，春坊大学士不常设，庶子、谕德、中允、赞善、洗马等则带讲、读学士以下至编、检衔。
史官，自洪武十四年置修撰三人，编修、检讨各四人。其后由一甲进士除授及庶吉士留馆授职，往往溢额，无定员。嘉靖八年，复定讲、读、修撰各三人，编修、检讨各六人，皆从吏部推补，如诸司例。然未几即以侍从人少，诏采方正有学术者以充其选，因改御史胡经、员外郎陈束、主事唐顺之等七人俱为编修。以后仍循旧例，由庶吉士除授，卒无定额。崇祯七年，又考选推官、知县为编修、检讨，盖亦创举，非常制也。
庶吉士，自洪武初有六科庶吉士。十八年以进士在翰林院、承敕监等近侍者，俱称庶吉士。永乐二年，始定为翰林院庶吉士，选进士文学优等及善书者为之。三年试之。其留者，二甲授编修，三甲授检讨；不得留者，则为给事中、御史，或出为州县官。宣德五年，始命学士教习。万历以后，掌教习者，专以吏、礼二部侍郎二人。
明初，尝置弘文馆学士，洪武三年置，以胡铉为学士，又命刘基、危素、王本中、睢稼皆兼弘文馆学士，未几罢。宣德间，复建弘文阁于思善门右，以翰林学士杨溥掌阁印，寻并入文渊阁。秘书监，洪武三年置，秩正六品，除监丞一人，直长二人，寻定设令一人，丞、直长各二人，掌内府书籍。十三年并入翰林院典籍。起居注，甲辰年置。吴元年定秩正五品。洪武四年改正七品。六年升从六品。九年定起居注二人，后革。十四年复置，秩从七品，寻罢。至万历间，命翰林院官兼摄之。已复罢。寻皆罢。
国子监。祭酒一人。从四品司业一人。正六品其属，绳愆厅，监丞一人，正八品博士厅，《五经》博士五人。从八品率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂，助教十五人，从八品学正十人，正九品学录七人。从九品典簿厅，典簿一人。从八品典籍厅，典籍一人。从九品掌馔厅，掌馔二人。未入流
祭酒、司业，掌国学诸生训导之政令。凡举人、贡生、官生、恩生、功生、例生、土官、外国生、幼勋臣及勋戚大臣子弟之入监者，奉监规而训课之，造以明体达用之学，以孝弟、礼义、忠信、廉耻为之本，以六经、诸史为之业，务各期以敦伦善行，敬业乐群，以修举古乐正、成均之师道。有不率者，扑以夏楚，不悛，徙谪之。其率教者，有升堂积分超格叙用之法。课业仿书，季呈翰林院考校，文册岁终奏上。每岁仲春秋上丁，遣大臣祀先师，则总其礼仪。车驾幸学，则执经坐讲。新进士释褐，则坐而受拜。监丞掌绳愆厅之事，以参领监务，坚明其约束，诸师生有过及廪膳不洁，并纠惩之，而书之于集愆册。博士掌分经讲授，而时其考课。凡经，以《易》、《诗》、《书》、《春秋》、《礼记》，人专一经，《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》兼习之。助教、学正、学录掌六堂之训诲，士子肄业本堂，则为讲说经义文字，导约之以规矩。典簿，典文移金钱出纳支受。典籍，典书籍。掌馔，掌饮馔。
明初，即置国子学。乙巳九月置国子学，以故集庆路学为之。洪武十四年，改建国子学于鸡鸣山下。设博士、助教、学正、学录、典乐、典书、典膳等官。吴元年，定国子学官制，增设祭酒、司业、典簿。祭酒，正四品，司业，正五品，博士，正七品，典簿，正八品，助教，从八品，学正，正九品，学录，从九品，典膳，省注。洪武八年，又置中都国子学，秩正四品命国子学分官领之。十三年，改典膳为掌馔。十五年，改为国子监，秩从四品，设祭酒一人，司业一人，监丞、典簿各一人，博士三人，助教十六人，学正、学录各三人，掌馔一人。各官品秩，如前所列。中都国子监制亦如之。十六年，以宋讷为祭酒，敕谕之曰：“太学天下贤关，礼义所由出，人材所由兴。卿夙学耆德，故特命为祭酒。尚体朕立教之意，俾诸生有成，士习丕变，国家其有赖焉。”又命曹国公李文忠领监事，车驾时幸。以故监官不得中厅而坐，中门而行。二十四年，更定国子监品秩、员数。俱如前所列。中都国子监设祭酒、司业、监丞、典簿、博士、学正、学录、掌馔各一人，助教二人，品秩与在京同。二十六年，罢中都国子监。建文中，升监丞为堂上官，革学正、学录。成祖复旧制。永乐元年，置国子监于北京，设祭酒、司业、监丞、典簿、博士、学正、学录、掌馔各一人，助教二人。后增设不常，助教至十五人，学正至十一人，学录至七人。后革助教二人，学正四人，学录二人。万历九年，又革助教四人，学录一人。宣德九年，省司业。弘治十五年复设。明初，祭酒、司业，择有学行者任之，后皆由翰林院官迁转。
衍圣公，孔氏世袭，正二品。袍带、诰命、朝班一品。洪武元年授孔子五十六代孙希学袭封。其属，掌书、典籍、司乐、知印、奏差、书写各一人。皆以流官充之。曲阜知县，孔氏世职。洪武元年授孔子裔