段颖杀羌百万而内地虚耗，两者相去远矣。乞广先帝之明，专充国之任，制置方略，悉听琼便宜从事。”琼乃集众议，且剿且抚。先遣总兵官刘文、游击彭椷分布士马。明年二月自固原进至洮、岷，遣人开示祸福。洮州东路木舍等三十一族，西路答禄失等十三族，岷州西宁沟等十五族，皆听抚，给白旂犒赐遣归。惟岷州东路若笼族、西路板尔等十五族及岷州剌即等五族，恃险不服。乃分兵先攻若笼、板尔二族，覆其巢，剌即诸族震慴乞降。凡斩首三百六十余级，抚定七十余族，乃班师。自是，洮、岷获宁，而西宁仍苦寇患。
十一年，甘肃巡抚赵载等言：“亦不剌据海上已二十余年，其党卜儿孩独倾心向化，求帖木哥等属番来纳款。宜因而抚之，或俾之纳马，或令其遣质，或授官给印，建立卫所，为我籓篱，于计为便。”疏甫上，会河套酋吉囊引众西掠，大破亦不剌营，收其部落大半而去，惟卜儿孩一枝敛众自保。由是西宁亦获休息，而纳款之议竟寝。及唐龙为总制，寇南掠松潘。龙虑其回巢与诸番及他部勾结为患，奏行甘肃守臣，缮兵积粟，为殄灭计。及龙去，事亦不行。
二十年正月，卜儿孩献金牌、良马求款。兵部言：“寇果输诚通贡，诚西陲大利。乃止献马及金牌，未有如往岁遣子入侍、酋长入朝之请，未可遽许。宜令督抚臣侦察情实，并条制驭之策以闻。”报可。会寇势渐衰，番人亦渐复业，其议复寝。
二十四年设岷州，隶巩昌府。岷西临极边，番汉杂处。洪武时，改土番十六族为十六里，设卫治之，俾稍供徭役。自设州之后，徵发繁重，人日困敝。且番人恋世官，而流官又不乐居，遥寄治他所。越十余年，督抚合疏言不便，乃设卫如故。
时北部俺答猖獗，岁掠宣、大诸镇。又羡青海富饶，三十八年携子宾兔、丙兔等数万众，袭据其地。卜儿孩窜走，遂纵掠诸番。已，引去，留宾兔据松山，丙兔据青海，西宁亦被其患。隆庆中，俺答受封顺义王，修贡惟谨，二子亦敛戢。
时乌斯藏僧有称活佛者，诸部多奉其教。丙兔乃以焚修为名，请建寺青海及嘉峪关外，为久居计。廷臣多言不可许，礼官言：“彼已采木兴工，而令改建于他所，势所不能，莫若因而许之，以鼓其善心，而杜其关外之请。况中国之御戎，惟在边关之有备。戎之顺逆，亦不在一寺之远近。”帝许之。丙兔既得请，又近胁番人，使通道松潘以迎活佛。四川守臣惧逼，乞令俺答约束其子，毋扰邻境。俺答言，丙兔止因甘肃不许开市，宁夏又道远艰难，虽有禁令，不能尽制。宣大总督方逢时亦言开市为便。帝以责陕西督抚，督抚不敢违。万历二年冬，许丙兔市于甘肃，宾兔市于庄浪，岁一次。既而寺成，赐额仰华。
先是，亦不剌之据青海，边臣犹以外寇视之。至是以俺答故，竟视若属番。诸酋亦以父受王封，不敢大为边患，而洮州之变乃起。初，洮州番人以河州奸民负其物货，入掠内地，他族亦乘机为乱。奸民以告河州参将陈堂，堂曰：“此洮州番也，何与我事。”洮州参将刘世英曰：“彼犯河州，非我失事。”由是二将有隙。总督石茂华闻之，令二人及兰州参将徐勋、岷州守备硃宪、旧洮州守备史经各引兵压其境，晓以利害。番人惧，即还所掠人畜。世英谓首恶未擒，不可遽已，遂剿破之，杀伤及焚死者无算。军律，吹铜角乃退兵。堂挟前憾，不待角声而去，诸部亦多引去。宪、经方深入搜捕，邻番见其势孤，围而杀之。事闻，帝震怒，褫堂、世英职，切责茂华等。茂华乃集诸军分道进讨，斩首百四十余级，焚死者九百余人，获孳畜数十群。诸番震恐远徙，来降者七十一族，斩送首恶四人，生缚以献者二人，输马牛羊二百六十。稽首谢罪，誓不再犯，师乃还。
自丙兔据青海，有切尽台吉者，河套酋吉能从子，俺答从孙也，从之而西。屡掠番人不得志，邀俺答往助。俺答雅欲侵瓦剌，乃假迎活佛名，拥众西行。疏请授丙兔都督，赐金印，且开茶市。部议不许，但稍给以茶。俺答既抵瓦剌，战败而还。乃移书甘肃守臣，乞假道赴乌斯藏。守臣不能拒，遂越甘肃而南，会诸酋于海上。番人益遭蹂躏，多窜徙。八年春，始以活佛言东还，而切尽弟火落赤及俺答庶兄子永邵卜遂留居青海不去。八月，丙兔率众掠番并内地人畜，诏绝其市赏。俺答闻之，驰书切责。乃尽还所掠，执献为恶者六人，自罚牛羊七百。帝嘉其父恭顺，赉之银币，即以牛羊赐其部人，为恶者付之自治，仍许贡市，俺答益感德。而火落赤侵掠番族不休，守臣檄切尽台吉约束之，亦引罪输服。及俺答卒，传至孙扯力克，势轻，不能制诸酋。
十六年九月，永邵卜部众有阑入西宁者，副总兵李奎方被酒，跃马而前。部众控鞍欲诉，奎拔刀斫之，众遂射奎死。部卒驰救之，亦多死。守臣不能讨，遣使诘责，但献首恶，还人畜而止。以故无所惮，愈肆侵盗。时丙兔及切尽台吉亦皆死，丙兔子真相移驻莽剌川，火落赤移驻捏工川，逼近西宁，日蚕食番族。番不能支，则折而为寇用。扯力克又西行助之，势益炽。十八年六月入旧洮州，副总兵李联芳率三千人御之，尽覆。七月复深入，大掠河州、临洮、渭源。总兵官刘承嗣与游击孟孝臣各