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五年春，命大将军徐达、左副将军李文忠、征西将军冯胜率师三道征之。大将军达由中路出雁门，战不利，守塞。胜军西次兰州。右副将军傅友德先进，转战至埽林山，胜等兵合，斩其平章不花，降上都驴等所部吏民八千三百余户，遂由亦集乃路至瓜、沙州，复连败之。文忠东出居庸至口温，元将弃营遁，乃率轻骑自胪朐河疾驰，进败蛮子哈剌章于土剌河，追及阿鲁浑河，又追及称海，获其官属子孙并军士家属千八百余，送京师。达等寻召还。明年春，遣达、文忠等备西北边。元兵入犯武、朔，达遣陈德、郭子兴击破之。未几，达等复大破王保保兵于怀柔。时元兵先后犯白登、保德、河曲，辄为守将所败，独抚宁、瑞州被残，太祖乃徙其民于内地。
七年夏，都督蓝玉拔兴和。文忠亦遣裨将擒斩其长，而自以大军攻高州大石崖，克之，斩宗王、大臣朵朵失里等，至氈帽山斩鲁王，获其妃蒙哥秃。秋，太祖以故元太子流离沙漠，父子隔绝，未有后嗣，乃遣崇礼侯北归，以书谕之。又二年，其部下九住等寇西边，败去。
洪武十一年夏，故元太子爱猷识理达腊卒，太祖自为文，遣使吊祭。子脱古思帖木儿继立。其丞相驴儿、蛮子哈剌章，国公脱火赤，平章完者不花、乃儿不花，枢密知院爱足等，拥众于应昌、和林，时出没塞下。太祖屡赐玺书谕之，不从。十三年春，西平侯沐英师出灵州，渡黄河，历贺兰山，践流沙，擒脱火赤、爱足等于和林，尽以其部曲归。冬，完者不花亦就擒。明年春，徐达及副将军汤和、傅友德征乃儿不花，至河北，袭灰山，斩获甚众。
时王保保已先卒，诸巨魁多以次平定，或望风归附，独丞相纳哈出拥二十万众据金山，数窥伺辽。二十年春，命宋国公冯胜为大将军，率颍川侯傅友德、永昌侯蓝玉等，将兵二十万征之，还其先所获元将乃剌吾。胜军驻通州，遣蓝玉乘大雪袭庆州，克之。夏，师逾金山，临江侯陈镛失道，陷敌死。乃剌吾归，备以朝廷抚恤恩语其众，于是全国公观童来降。纳哈出因闻乃剌吾之言已心悸，复为大军所迫，乃阳使人至大将军营纳款，以觇兵势。胜遣玉往受降。使者见胜军还报，纳哈出仰天叹曰：“天弗使吾有此众矣。”遂率数百骑诣玉纳降。已，将脱去，为郑国公常茂所伤不得去。都督耿忠遂以众拥之见胜，胜重礼之，使忠与同寝食。先后降其部曲二十余万人，及闻纳哈出伤，由是惊溃者四万人，获辎重畜马亘百余里。胜班师，都督濮英以三千骑殿，为溃卒所邀袭，死之。秋，胜等表上纳哈出所部官属二百余人，将校三千三百余人，金银铜印一百颗，虎符牌面百二十五事，马二百九十余匹，称贺。太祖封纳哈出为海西侯，先后赐予甚厚，并授乃剌吾千户。
纳哈出既降，帝以故元遗寇终为边患，乃即军中拜蓝玉为大将军，唐胜、郭英副之，耿忠、孙恪为左、右参将，率师十五万往征之。冬，元将脱脱等降于玉。明年春，玉以大军由大宁至庆州，闻脱古思帖木儿在捕鱼儿海，从间道驰进，至百眼井哨不见敌，欲引还。定远侯王弼曰：“吾等奉圣主威德，提十万余众，深入至此，无所得，何以复命？”玉乃穴地而爨，一夜驰至捕鱼儿海。黎明，去敌营八十里。时大风扬沙，昼晦，军行无知者，敌不设备。弼为前锋，直薄之，遂大破其军，斩太尉、蛮子数千人。脱古思帖木儿以其太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑遁去，获其次子地保奴及妃主五十余人、渠率三千、男女七万余，马驼牛羊十万，聚铠仗焚之。又破其将哈剌章营，尽降其众。于是漠北削平。捷奏至，太祖大悦，赐地保奴等钞币，命有司给供具。既有言玉私元主妃者，帝怒，妃惭惧自杀。地保奴出怨言，帝居之琉球。
脱古思帖木儿既遁，将依丞相咬住于和林，行至土剌河，为其下也速迭儿所袭，众复散，独与捏怯来等十六骑偕。适咬住来迎，欲共往依阔阔帖木儿，大雪不得发。也速迭儿兵猝至，缢杀之，并杀天保奴。于是捏怯来、失烈门等来降，置之全宁卫。未几，捏怯来为失烈门所袭杀，众溃，诏朵颜等卫招抚之，来降者益众。二十三年春，命颍国公傅友德等以北平兵从燕王，定远侯王弼等以山西兵从晋王，征咬住及乃儿不花、阿鲁帖木儿等。燕王出古北口，侦知乃儿不花营迤都，冒大雪驰进，去敌一碛，敌不知也。先遣指挥观童往，观童旧与乃儿不花善，一见相持泣。顷之，大军压其营，乃儿不花惊，欲遁，观童止之，引见王，赐饮食慰谕遣还。乃儿不花喜过望，遂偕咬住等来降。久之，乃儿不花等以谋叛诛死，敌益衰。太祖亦封燕、晋诸王为边籓镇，更岁遣大将巡行塞下，督诸卫卒屯田，戒以持重，寇来辄败之。而敌自脱古思帖木儿后，部帅纷拏，五传至坤帖木儿，咸被弑，不复知帝号。有鬼力赤者篡立，称可汗，去国号，遂称鞑靼云。
成祖即位，遣使谕之通好，赐以银币并及其知院阿鲁台、丞相马儿哈咱等。时鬼力赤与瓦剌相仇杀，数往来塞下，帝敕边将各严兵备之。
永乐三年，头目埽胡儿、察罕达鲁花等先后来归。久之，阿鲁台杀鬼力赤，而迎元之后本雅失里于别失八里，立为可汗。
六年春，帝即以书谕本雅失里