用悯恻。七年之中，日以此贼为事。始行薄伐，继示包容，终加严讨。盖不杀乃天之心，而用兵非予得已。安疆靖乱，宜取荡平。神恶凶盈，阴歼魁首，大师乘之，追奔逐北，鲸鲵尽戮，海隅载清，捷书来闻，忧劳始释。惟王虽还旧物，实同新造，振凋起敝，为力倍艰。倭虽遁归，族类尚在。兹命邢玠振旅归京，量留万世德等分布戍守。王宜卧薪尝胆，无忘前耻，惟忠惟孝，缵绍前休。”五月，玠条陈东征善后事宜十事。一，留戍兵，马步水陆共计三万四千有奇，马三千匹。一，定月饷，每年计银九十一万八千有奇。一，定本色，合用米豆，分派辽东、天津、山东等处，每年十三万石。一，留中路海防道。一，裁饷司。一，重将领。一，添巡捕。一，分汛地。一，议操练。一，责成本国。廷臣议：“数年疲耗，今始息肩，自宜内固根本，不当更为繁费。况彼国兵荒之后，不独苦倭之扰，兼苦我兵。故今日善后事宜，仍当商之彼国，先量彼饷之赢绌，始可酌我兵之去留。至于增买马匹，添补标兵，创立巡捕，及至管饷府佐，悉宜停止。”帝命督抚会同国王酌奏。八月，昖献方物，助大工，褒赏如例。十月，请留水兵八千，以资戍守。其撤回官兵，驻札辽阳备警。二十八年四月请将义州等仓遗下米豆运回辽阳。户部议：“输运维艰，莫若径与彼国，振其雕敝，以昭皇仁。”诏曰：“可。”
二十九年二月，兵部覆奏经督条陈七事：“一，练兵士。丽人鸷悍耐寒苦，而长衫大袖，训练无方，宜以束伍之法教之。一，守冲要。朝鲜三面距海，釜山与对马相望，巨济次之，宜各守以重兵，并蔚山、开山等处皆宜戍守。一，修险隘。王京北倚丛山，南环沧海。忠州左右乌、竹二岭，羊肠绕曲，有一夫当关之险。今营垒遗址尚存，亟宜修葺。一，建城池。朝鲜八道，十九无城。平壤西北鸭、浿二江，俱南通海。倘倭别遣一旅占据平壤，则王京声援断绝，皆应修筑屯聚。一，造器械。倭战便陆不便海，以船制重大，不利攻击。今准福唬造百十艘为奇兵，并添造神机百子火箭。一，访异材。朝鲜贵世官，贼世役，一切禁锢，往往走倭走敌，为本国患，宜破格搜采。一，修内治。国家东南临海，以登、旅为门户，镇江为咽喉，应援之兵，不宜尽撤。我自固，亦所以固朝鲜也。”诏朝鲜刻励以行。九月，奏所颁诰命冕服遭变沦失，祈补给，从之。
时倭国内乱，对马岛主平义智悉遣降人还朝鲜，遗书乞和，且扬言秀吉将家康将输粮数十万石为军兴资，以胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相望，岛地不产五谷，资米于朝鲜。兵兴后，绝开市，因百计胁款。秀吉死，我军尽撤，朝鲜畏倭滋甚。欲与倭通款，又惧开罪中国。十二月，昖以岛倭求款来请命。兵部以事难遥度，令总督世德酌议，诏可。三十年十一月，昖言倭使频来要挟和款，兵端渐露，乞选将率兵，督同本国训练修防。帝曰：“曾留将士教习，成法具在，无容再遣。因命其使臣赍敕诫励。三十三年九月，昖复请封珲为世子，礼部仍执立长之议。三十五年四月，昖以家康求和来告，兵部议听王自计而已。由是和款不绝，后三年始画开市之事。
三十六年，昖卒。光海君珲自称署国事，追陪臣来讣，且请谥。帝恶其擅，不允，令该国臣民公义以闻。时我大清兵征服各部，渐近朝鲜。兵部议令该王大修武备，整饬边防，并请敕辽左督抚镇臣，遣官宣达毋相侵犯之意。从之。十月，封珲为国王，从其臣民请也。三十七年二月，谥昖曰昭敬，遣官赐珲及妃柳氏诰命。
初，朝鲜失守，赖中国力得复，倭弃釜山遁。然阴谋启疆，为患不已。于是海上流言倭图釜山，朝鲜与之通。四十一年九月，总兵官杨宗业以闻。珲疏辨，诏慰解之。
四十二年四月，奏请追封生母金氏。礼部按《会典》，嫡母受封而生母先亡者得追赠，乃命封为国王次妃。四十三年十一月，表贺冬至，因奏买回《吾学编》、《弇山堂别集》等书，载本国事与《会典》乖错，乞改正。礼部言：“野史不足凭。今所请耻与逆党同讥，宜悯其诚，宣付史馆。”报可。初，珲为生母已得封，至是复祈给冠服。礼臣以金氏侧室，礼有隆杀，执不可。四十五年正月，珲请至再，帝以珲屡次恳陈，勉从之。
四十七年，杨镐督马林、杜松、刘綎等出师，为我大清兵所败。朝鲜助战兵将，或降或战死。珲告急，诏加优恤。十一月，兵部覆：朝鲜入贡之道，宜添兵防守。诏镇江等处设兵将，令经略熊廷弼调委。四十八年正月，珲奏：“敌兵八月中攻破北关，金台吉自焚，白羊出降。铁岭之役，蒙古宰赛亦为所灭。闻其国谋议以朝鲜、北关、宰赛皆助兵南朝，今北关、宰赛皆灭，不可使朝鲜独存。又闻设兵牛毛寨、万遮岭，欲略宽奠、镇江等处。宽奠、镇江与昌城、义州诸堡隔水相望，孤危非常。敌若从叆阳境上鸦鹘关取路绕出凤凰城里，一日长驱，宽镇、昌城俱莫自保。内而辽左八站，外而东江一城，彼此隔断，声援阻绝，可为寒心。望速调大兵，共为掎角，以固边防。”时辽镇塘报称朝鲜与大清讲和，朝议遂谓珲阳衡阴顺，宜遣官宣谕，或命将监护，其说纷拿。珲疏辨：“二百年忠诚事大，死生一节。”词极剀挚。礼、兵二