最强，拓养坤党最众，所谓闯王、蝎子塊者也。传庭设方略，亲击迎祥于盩厔之黑水峪，擒之，及其伪领哨黄龙、总管刘哲，献俘阙下。录功，增秩一等。而贼党自是乃共推李自成为闯王矣。明年，养坤及其党张耀文来降。已而养坤叛去，谕其下追斩之。击贼惠登相于泾阳、三原，登相西走。河南贼马进忠、刘国能等十七部入渭南，追之出关，复合河南兵夹击之，先后斩首千余级。进忠等复扰商、雒、蓝田，叛卒与之合，将犯西安。遣左光先、曹变蛟追走之渭南，降其渠一条龙，招还胁从。募健儿击余贼，斩圣世王、瓦背、一翅飞，降镇天王、上山虎，又歼白捍贼渠魁数人。关南稍靖。遣副将盛略等败贼大天王于宝鸡，贼走入山谷，传庭追之凤翔。他贼出栈道，谋越关犯河南，还军击，贼走伏斜谷，复大败之，降其余众。西安四卫，旧有屯军二万四千，田二万余顷，其后田归豪右，军尽虚籍。传庭厘得军万一千有奇，岁收屯课银十四万五千余两，米麦万三千五百余石。帝大喜，增秩，赉银币。
会杨嗣昌入为本兵，条上方略。洪承畴以秦督兼剿务，而用广抚熊文灿为总理。分四正六隅，马三步七，计兵十二万，加派至二百八十万，期百日平贼。传庭移书争之，曰：“无益，且非特此也。部卒屡经溃蹶，民力竭矣，恐不堪命。必欲行之，贼不必尽，而害中于国家。”累数千言，嗣昌大忤。部议，秦抚当一正面，募土著万人，给饷银二十三万，以商、雒等处为汛守。传庭知其不可用也，乃核帑藏，蠲赎锾，得银四万八千，市马募兵，自办灭贼具，不用部议。会诸抚报募兵及额，传庭疏独不至。嗣昌言军法不行于秦，自请白衣领职，以激帝怒。传庭奏曰：“使臣如他抚，籍郡县民兵上之，遂谓及额，则臣先所报屯兵已及额矣。况更有募练马步军，数且逾万，何尝不遵部议。至百日之期，商、雒之汛守，臣皆不敢委。然使贼入商、雒，而臣不能御，则治臣罪。若臣扼商、雒，而逾期不能灭贼，误剿事者必非臣。”嗣昌无以难，然衔之弥甚。传庭两奉诏进秩，当加部衔，嗣昌抑弗奏。十一年春，贼破汉阴、石泉，则坐传庭失援，削其所加秩。
传庭出扼商、雒。大天王等犯庆阳、宝鸡，还军战合水，破走之，获其二子，追击之延安。过天星、混天星等从徽、秦趋凤翔，逼澄城。传庭分兵五道击之杨家岭、黄龙山，大破之，斩首二千余级。大天王知二子不杀，遂降。贼引而北，犯延安。传庭策鄜州西、合水东三四百里，荒山邃谷，贼入当自毙，乃率标兵中部遏其东，檄变蛟、庆阳拒其西，伏兵三水、淳化间。贼饥，出掠食，则大张旗帜，鸣鼓角以邀之，一日夜驰二百五十里。贼大惊，西奔，至职田庄，遇伏而败；复走宝鸡，取栈道，再中伏大败；折而走陇州关山道，又为伏兵所挫。三败，贼死者无算，过天星、混天星并降。又逐贼邠、宁间，陷阵，获其渠。河南贼马进忠、马光玉驱宛、洛之众，箕张而西。传庭击之，贼还走。又设伏于潼关原，变蛟逐贼入伏。而闯王李自成者，为洪承畴所逐，尽亡其卒，以十八骑溃围遁。关中群盗悉平，是为崇祯之十一年春也。捷闻，大喜，先叙澄城之捷，命加传庭部衔。嗣昌仍格不奏。
当是时，总理熊文灿主抚。湖广贼张献忠已降，惟河南贼如故。罗汝才、马进忠、贺一龙、左金王等十三部西窥潼关，联营数十里。传庭计曰：“天下大寇尽在此矣。我出击其西，总理击其东，贼不降则灭。此贼平，天下无贼矣。献忠即狙伏，无能为也。”乃遂引兵东，大败贼阌乡、灵宝山间，贯其营而东，复自东以西。贼窘甚，以文灿招降手谕上，言旦夕且降。传庭曰：“尔曹日就熊公言抚，而日攻堡屠寨不已，是伪也。降即解甲来，有说即非真降，吾明日进兵矣。”明日擐甲而出，得文灿檄于途中曰：“毋妒吾抚功。”又进，得本兵嗣昌手书，亦云。传庭怏怏撤兵还。然贼迄不就抚，移瞰商、雒。文灿悔，期传庭夹击。属吏王文清等三战三败之，贼奔内乡、淅川而去。传庭既屡建大功，其将校数奉旨优叙，嗣昌务抑之不为奏。传庭恳请上其籍于部，嗣昌曰：“需之。”
十月，京师戒严，召传庭及承畴入卫，擢兵部右侍郎兼右佥都御史，代总督卢象升督诸镇援军，赐剑。当是时，传庭提兵抵近郊，与嗣昌不协，又与中官高起潜忤，降旨切责，不得朝京师。承畴至，郊劳，且命陛见，传庭不能无觖望。无何，嗣昌用承畴以为蓟督，欲尽留秦兵之入援者守蓟、辽。传庭曰：“秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。秦军妻子俱在秦，兵日杀贼以为利，久留于边，非哗则逃，不复为吾用，必为贼用，是驱民使从贼也。安危之机，不可不察也。”嗣昌不听。传庭争之不能得，不胜郁郁，耳遂聋。
传庭初受命，疏言：“年来疆事决裂，由计画差谬。事竣，当面请决大计。”明年，帝移传庭总督保定、山东、河南军务。既解严，疏请陛见。嗣昌大惊，谓传庭将倾之，斥来役赍疏还之传庭。传庭愠，引疾乞休。嗣昌又劾其托疾，非真聋，帝遂发怒，斥为民，下巡抚杨一俊核真伪，一俊奏言：“真聋，非托疾。”并下一俊狱。传庭长系待决，举朝知其冤，莫为言。在狱三年，文灿、嗣昌