五大营自楚入蜀，陷夔州。阻险，复走还楚，分为三：一犯均州，往河南；一犯郧阳，往淅川；一犯金漆坪，渡河犯商南。奇瑜乃驰至均州，檄四巡抚会讨。陕西练国事驻商南，遏其西北；郧阳卢象升驻房、竹，遏其西；河南元默驻卢氏，遏其东北；湖广唐晖驻南漳，遏其东南。奇瑜乃偕象升督将士由竹溪至平利之乌林关，十余战，斩贼千七百余级。越七日，大破之乜家沟，斩千八十余级，总兵邓功为多。已，设伏蚋溪，连战，斩三百余级。至狮子山，斩七百二十余级。别将杨化麟、杨世恩、周任凤、杨正芳等分道击杀贼，擒其魁闯王、翻山虎等。
奇瑜上言：“楚中屡捷，一时大盗几尽，其窜伏深山者，臣督乡兵为向道，无穴不搜，楚中渐有宁宇。”帝嘉劳之。乃督副将刘迁等搜竹溪、平利贼，追至五狼河，擒其魁十二人。遣参将贺人龙等追八昼夜至紫阳，贼死者万余人。
先是，贼入蜀，复自蜀入秦，由阳平关奔巩昌，承畴御之秦州。贼遂越两当，袭破凤县，分为二：一向汉中，取间道犯城固、洋县；一由凤县奔宝鸡、汧阳。于是贼在平利、洵阳间者数万，自四川入西乡者二三万。犯城固、洋县者，又东下石泉、汉阴，会汉、兴，窥商、雒。当是时，奇瑜以湖广贼尽，鼓行而西，谓贼不足平也。乃遣游击唐通防汉中，以护籓封；遣参将贺人龙、刘迁、夏镐扼略阳、沔县，防贼西遁；遣副将杨正芳、余世任扼褒城，防贼北遁；自督副将杨化麟、柳国镇等驻洋县，防贼东遁；又檄练国事、卢象升、元默各守要害，截贼奔逸。
贼见官军四集，大惧，悉遁入兴安之车厢峡，诸渠魁李自成、张献忠等咸在焉。峡四山巉立，中亘四十里，易入难出。贼误入其中，山上居民下石击，或投以炬火，山口累石塞，路绝，无所得食，困甚。又大雨二旬，弓矢尽脱，马乏刍，死者过半。当是时，官军蹙之，可尽歼，自成等见势绌，用其党顾君恩谋以重宝贿奇瑜左右及诸将帅，伪请降。奇瑜无大计，遽许之，先后籍三万六千余人，悉劳遣归农。每百人以安抚官一护之，檄所过州县具糗粮传送，诸将无邀挠抚事。诸贼未大创，降非实也，既出栈道，遂不受约束，尽杀安抚官五十余人，攻掠诸州县，关中大震。
奇瑜悔失计，乃委罪他人以自解。贼初叛，猝至凤翔，诱开城，守城知其诈，绐以缒城上，杀其先登者三十六人，余噪而去。其犯宝鸡，亦为知县李嘉彦所挫。奇瑜遂劾嘉彦及凤翔乡官孙鹏等挠抚局，抚按官亦异心。帝怒，切责抚按，逮嘉彦、鹏及士民五十余人。奇瑜又请敕陕西、郧阳、湖广、河南、山西五巡抚各守要害，有失则治诸臣罪，冀以分己过。又委罪巡抚练国事，国事亦被逮。给事中顾国宝劾奇瑜误封疆，诏解任候勘。御史傅永淳复劾奇瑜解陇州围报首功不实，诏除名，锦衣官逮讯。九年六月谪戍边。
初，奇瑜官南阳，唐王杀其世子，欲并废世子子聿键。赖奇瑜力，聿键得为世孙。后聿键自立于闽，召奇瑜为东阁大学士。道远，未闻命，卒于家。
元默，字中象，静海人。万历四十七年进士。除怀庆推官，擢吏科给事中。魏忠贤焰方炽，以乡里欲招致之，默谢不可。言路承忠贤意，劾罢归。
崇祯初，复官，历迁太常卿。六年春，以佥都御史巡抚河南。流贼由均州犯河内，默率左良玉、汤九州、李卑、邓兵待境上；复率九州乘雪夜薄吴城贼营，大破之。嵩、雒以北名城数十，贼避勿敢攻。奇瑜既失李自成于车箱峡，默自汝州移驻卢氏，檄良玉、九州各陈兵守要害，得稍宁者数月。当是时，贼势张，良玉等承督师檄，守备尚固。默率诸将斩获多，贼多趋秦、楚境。已，分为三，自颍州犯凤阳皇陵，中州所在告急。八年夏，默被逮去。久之，得释归，八年卒。
熊文灿，贵州永宁卫人。万历三十五年进士。授贵州推官，迁礼部主事，历郎中。出封琉球还，擢山东左参政、山西按察使、山东右布政使。忧归，自是徙家蕲水。
崇祯元年，起福建左布政使。三月，就拜右佥都御史，巡抚其地。海上故多剧盗，袁进、李忠既降，杨六、杨七及郑芝龙继起。总兵官俞咨皋招六、七降，芝龙猖獗如故。然芝龙常败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走。当事知其可抚，遣使谕降之。文灿至，善遇芝龙，使为己用。其党李魁奇再降，再叛去，芝龙击擒之。海警渐息，而钟斌又起。斌初亦就抚，后复叛，寇福州。文灿诱斌往泉州，令芝龙击败之。既而蹙之大洋，斌投海死。闽中屡平巨寇，皆芝龙力，文灿亦叙功增秩焉。
五年二月，擢文灿兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务，兼巡抚广东。先是，海寇钟灵秀既降复叛，为芝龙所擒，其党溃入长汀，转掠江西属邑，文灿檄芝龙屡败贼。而福建有红夷之患，海盗刘香乘之，连犯闽、广沿海邑，帝以责文灿。文灿不能讨，乃议招抚，贼佯许之。参政洪云蒸，长沙人，初官广西参政，尝搜灵秀余党，斩三十余级，尽毁其巢。文灿乃令云蒸与副使康承祖，参将夏之本、张一杰入贼舟宣谕，俱被执。文灿惧罪，奏诸臣信贼自陷。给事中硃国栋劾之，诏贬秩，戴罪自效。八年，芝龙合广东兵击香于田