具疏引退，语多愤激。屡为给事中范淑泰、御史吴履中所攻，帝皆不问。
八年正月，流贼陷凤阳，毁皇陵。巡抚杨一鹏，应熊座主；巡按吴振缨，体仁姻也。二人恐帝震怒，留一鹏、振缨疏未上，俟恢复报同奏之，遂拟旨令抚按戴罪。主事郑尔说、胡江交章诋应熊、体仁朋比误国，帝怒谪二人，而给事中何楷、许誉卿、范淑泰，御史张缵曾、吴履中、张肯堂言之不已。淑泰言：“一鹏《恢复疏》以正月二十一日，《核察失事情形疏》以正月二十八日，天下有未失事先恢复者哉？应熊改填月日，欺诳之罪难辞。”且劾其他受贿事。帝顾应熊厚，皆不听，而镌楷、缵曾秩，慰谕应熊。应熊亦屡疏辩，谓：“座主门生，谊不容薄，敢辞比之名。票拟实臣起草，敢辞误之罪。”楷益愤，屡疏纠之，最后复疏言：“故事，奏章非发抄，外人无由闻；非奉旨，邸报不许抄传。臣疏六月初十日上，十四日始奉明旨，应熊乃于十三日奏辩，旨尚未下，应熊何由知？臣不解者一。且旨下必由六科抄发。臣疏十四日下，而百户赵光修先送锦衣堂上官，则疏可不由科抄矣。臣不解者二。”应熊始惧，具疏引罪。帝下其家人及直日中书七人于狱。狱具，家人戍边，中书贬二秩。应熊乃屡疏乞休去，乘传赐道里费，行人护行。帝亦知应熊不协人望，特己所拔擢，不欲以人言去也。
十二年遣官存问。其弟应熙横于乡，乡人诣阙击登闻鼓，列状至四百八十余条，赃一百七十余万，词连应熊。诏下抚按勘究。会应熊复召，事得解。
时延儒再相，患言者攻己，独念应熊刚很，可藉以制之，力言于帝。十五年冬，遣行人召应熊。明年六月，应熊未至，延儒已罢归。给事中龚鼎孳密疏言：“陛下召应熊，必因其秉国之日，众口交攻，以为孤立无党；孰知其同年密契，肺腑深联，恃延儒在也。臣去年入都，闻应熊贿延儒为再召计。延儒对众大言，至尊欲起巴县。巴县者，应熊也。未几，召命果下。以政本重地，私相援引，是延儒虽去犹未去，天下事何堪再误！”帝得疏心动，留未下。已而延儒被逮，不即赴，俟应熊至，始尾之行。一日，帝顾中官曰：“延儒何久不至？”对曰：“需王应熊先入耳。”帝益疑之。九月，应熊至，宿朝房。请入对，不许；请归田，许之，乃惭沮而返。
十七年三月，京师陷。五月，福王立于南京。八月，张献忠陷四川。乃改应熊兵部尚书兼文渊阁大学士，总督川、湖、云、贵军务，专办川寇。时川中诸郡，惟遵义未下，应熊入守之，缟素誓师，开幕府，传檄讨贼。明年奏上方略，请敕川陕、湖贵两总督，郧阳、湖广、贵州、云南四巡抚出师合讨，并劾四川巡抚马体乾纵兵淫掠，革职提问。命未达而南都亡，体乾居职如故。已而献忠死，诸将杨展等各据州县自雄，应熊不能制。其部将曾英最有功，复重庆，屡破贼兵。王祥亦出师綦江相犄角。祥才武不及英，而应熊委任过之。又明年十月，献忠余党孙可望、李定国等南走重庆，英战殁。可望袭破遵义，应熊遁入永宁山中，旋卒于毕节卫。一子阳禧，死于兵，竟无后。
何吾驺，香山人。万历四十七年进士。由庶吉士历官少詹事。崇祯五年，擢礼部右侍郎。六年十一月，加尚书，同王应熊入阁。温体仁久柄政，欲斥给事中许誉卿。已拟旨，文震孟争之，吾驺亦助为言。体仁讦奏，帝夺震孟官，兼罢吾驺。详见《震孟传》。
居久之，唐王自立于福州，召为首辅，与郑芝龙议事辄相牴牾。闽疆既失，踉跄回广州。永明王以原官召之，为给事中金堡、大理寺少卿赵昱等所攻。引疾辞去，卒于家。
张至发，淄川人。万历二十九年进士。历知玉田、遵化。行取，授礼部主事，改御史。时齐、楚、浙三党方炽，至发，齐党也，上疏陈内降之弊。因言：“陛下恶结党，而秉揆者先不能超然门户外。顷读科臣疏云：‘日来慰谕辅臣温旨，辅臣与司礼自相参定，方听御批。’果若人言，天下事尚可问耶？”语皆刺叶向高，帝不报。时言官争排东林，户部郎中李朴不平，抗疏争。至发遂劾朴背公死党，诳语欺君，帝亦不报。
寻出按河南。福王之籓洛阳，中使相望于道。至发以礼裁之，无敢横。宗禄不给，为置义田，以赡贫者。四十三年，豫省饥，请留饷备振，又请改折漕粮，皆报闻。还朝，引病归。
天启元年，进大理寺丞。三年请终养。魏忠贤党荐之，矫旨令吏部擢用，至发方养亲不出。
崇祯五年，起顺天府丞，进光禄卿。精核积弊，多所厘正，遂受帝知。八年春，迁刑部右侍郎。六月，帝将增置阁臣，以翰林不习世务，思用他官参之，召廷臣数十人，各授一疏，令拟旨。遂擢至发礼部左侍郎兼东阁大学士，与文震孟同入直。自世宗朝许赞后，外僚入阁，自至发始。
时温体仁为首辅，钱士升、王应熊、何吾驺次之。越二年，体仁辈尽去，至发遂为首辅。万历中，申时行、王锡爵先后柄政，大旨相绍述，谓之“传衣钵”。至发代体仁，一切守其所为，而才智机变逊之，以位次居首，非帝之所注也。尝简东宫讲官，摈黄道周，为给事中冯元飙所刺。至发怒，两疏诋道周，而极颂体仁孤执不欺，复为编修吴伟