劳，以固人心。”所条画俱称旨。帝曰：“卿不须往通，其为朕总督京城内外守御事务，仍参帷幄。”趣首辅韩爌草敕下所司铸关防。承宗出，漏下二十刻矣，即周阅都城，五鼓而毕，复出阅重城。明日夜半，忽传旨守通州。时烽火遍近郊，承宗从二十七骑出东便门，道亡其三，疾驰抵通，门者几不纳。既入城，与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋登陴固守。而大清兵已薄都城，乃急遣游击尤岱以骑卒三千赴援。旋遣副将刘国柱督军二千与岱合，而发密云兵三千营东直门，保定兵五千营广宁门。以其间遣将复马兰、三屯二城。
至十二月四日，而有祖大寿之变。大寿，辽东前锋总兵官也，偕崇焕入卫。见崇焕下吏，惧诛，遂与副将何可纲等率所部万五千人东溃，远近大震。承宗闻，急遣都司贾登科赍手书慰谕大寿，而令游击石柱国驰抚诸军。大寿见登科，言：“麾下卒赴援，连战俱捷，冀得厚赏。城上人群詈为贼，投石击死数人。所遣逻卒，指为间谍而杀之。劳而见罪，是以奔还。当出捣朵颜，然后束身归命。”柱国追及诸军，其将士持弓刀相向，皆垂涕，言：“督师既戮，又将以大砲击毙我军，故至此。”柱国复前追，大寿去已远，乃返。承宗奏言：“大寿危疑已甚，又不肯受满桂节制，因讹言激众东奔，非部下尽欲叛也。当大开生路，曲收众心。辽将多马世龙旧部曲，臣谨用便宜，遣世龙驰谕，其将士必解甲归，大寿不足虑也。”帝喜从之。承宗密札谕大寿急上章自列，且立功赎督师罪，而己当代为剖白。大寿诺之，具列东奔之故，悉如将士言。帝优诏报之，命承宗移镇关门。诸将闻承宗、世龙至，多自拔来归者。大寿妻左氏亦以大义责其夫，大寿敛兵待命。
当溃兵出关，关城被劫掠，闭门罢市。承宗至，人心始定。关城故十六里，卫城止二里。今敌在内，关城无可守，卫城连关，可步屟而上也。乃别筑墙，横互于关城，穴之使砲可平出。城中水不足，一昼夜穿凿百井。旧汰牙门将侨寓者千人，穷而思乱，皆廪之于官，使巡行街衢，守台护仓，均有所事。内间不得发，外来者辄为逻骑所得，由是关门守完。乃遣世龙督步骑兵万五千入援，令游击祖可法等率骑兵四营西戍抚宁。三年正月，大寿入关谒承宗，亲军五百人甲而候于门。承宗开诚与语，即日列其所统步骑三万于教场，行誓师礼，群疑顿释。
时我大清已拔遵化而守之。是月四日拔永平。八日拔迁安，遂下滦州。分兵攻抚宁，可法等坚守不下。大清兵遂向山海关，离三十里而营，副将官惟贤等力战。乃还攻抚宁及昌黎，俱不下。当是时，京师道梗，承宗、大寿军在东，世龙及四方援军在西。承宗募死士沿海达京师，始知关城尚无恙。关西南三县：曰抚宁、昌黎、乐亭，西北三城：曰石门、台头、燕河。六城东护关门，西绕永平，皆近关要地。承宗饬诸城严守，而遣将戍开平，复建昌，声援始接。
方京师戒严，天下勤王兵先后至者二十万，皆壁于蓟门及近畿，莫利先进。诏旨屡督趣，诸将亦时战攻，然莫能克复。世龙请先复遵化，承宗曰：“不然，遵在北，易取而难守，不如姑留之，以分其势，而先图滦。今当多为声势，示欲图遵之状以牵之。诸镇赴丰润、开平，联关兵以图滦。得滦则以开平兵守之，而骑兵决战以图永。得滦、永则关、永合，而取遵易易矣。”议既定，乃令东西诸营并进，亲诣抚宁以督之。五月十日，大寿及张春、邱禾嘉诸军先抵滦城下，世龙及尤世禄、吴自勉、杨麒、王承恩继至，越二日克之，而副将王维城等亦入迁安。我大清兵守永平者，尽撤而北还，承宗遂入永平。十六日，诸将谢尚政等亦入遵化。四城俱复。帝为告谢郊庙，大行赏赉，加承宗太傅，赐蟒服、白金，世袭锦衣卫指挥佥事。力辞太傅不受，而屡疏称疾乞休，优诏不允。
朵颜束不的反覆，承宗令大将王威击败之，复赉银币。先以册立东宫，加太保；及《神宗实录》成，加官亦如之。并辞免，而乞休不已。帝命阁臣议去留，不能决。特遣中书赍手诏慰问，乃起视事。四年正月出关东巡，抵松山、锦州，还入关，复西巡，遍阅三协十二路而返。条上东西边政八事，帝咸采纳。五月以考满，诏加太傅兼食尚书俸，廕尚宝司丞，赉蟒服、银币、羊酒，复辞太傅不受。
初，右屯、大凌河二城，承宗已设兵戍守。后高第来代，尽撤之，二城遂被毁。至是，禾嘉巡抚辽东，议复取广宁、义州、右屯三城。承宗言广宁道远，当先据右屯，筑城大凌河，以渐而进。兵部尚书梁廷栋主之，遂以七月兴工，工甫竣，我大清兵大至，围数周。承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宋伟往救。禾嘉屡易师期，伟与襄又不相能，遂大败于长山。至十月，城中粮尽援绝，守将祖大寿力屈出降，城复被毁。廷臣追咎筑城非策也，交章论禾嘉及承宗，承宗复连疏引疾。十一月得请，赐银币乘传归。言者追论其丧师辱国，夺官闲住，并夺宁远世廕。承宗复列上边计十六事，而极言禾嘉军谋牴牾之失，帝报闻而已。家居七年，中外屡请召用，不报。
十一年，我大清兵深入内地。以十一月九日攻高阳，承宗率家人拒守。大兵将引去，绕城纳喊者三，守者亦应之三