汝华等虑皇长子无嫡母、生母，势孤孑甚，欲共托之李选侍。涟曰：“天子宁可托妇人？且选侍昨于先帝召对群臣时，强上入，复推之出，是岂可托幼主者？请亟见储皇，即呼万岁，拥出乾清，暂居慈庆。”语未毕，大学士方从哲、刘一燝、韩爌至，涟趣诸大臣共趋乾清宫。阍人持梃不容入，涟大骂：“奴才！皇帝召我等。今已晏驾，若曹不听入，欲何为！”阍人却，乃入临。群臣呼万岁，请于初六日登极，而奉驾至文华殿，受群臣嵩呼。驾甫至中宫，内竖从寝阁出，大呼：“拉少主何往？主年少畏人！”有揽衣欲夺还者。涟格而诃之曰：“殿下群臣之主，四海九州莫非臣子，复畏何人！”乃拥至文华殿。礼毕，奉驾入慈庆宫。当是时，李选侍居乾清。一燝奏曰：“殿下暂居此，俟选侍出宫讫，乃归乾清宫。”群臣遂退议登极期，语纷纷未定，有请改初三者，有请于即日午时者。涟曰：“今海宇清晏，内无嫡庶之嫌。父死之谓何？含敛未毕，衮冕临朝，非礼也。”或言登极则人心安，涟曰：“安与不安，不在登极早暮。处之得宜，即朝委裘何害？”议定，出过文华殿。太仆少卿徐养量、御史左光斗至，责涟误大事，唾其面曰：“事脱不济，汝死，肉足食乎！”涟为竦然。乃与光斗从周嘉谟于朝房，言选侍无恩德，必不可同居。
明日，嘉谟、光斗各上疏请选侍移宫。初四日得俞旨。而选侍听李进忠计，必欲皇长子同居，恶光斗疏中“武氏”语，议召皇长子，加光斗重谴。涟遇内竖于麟趾门，内竖备言状。涟正色曰：“殿下在东宫为太子，今则为皇帝，选侍安得召？且上已十六岁，他日即不奈选侍何，若曹置身何地？”怒目视之，其人退。给事中惠世扬、御史张泼入东宫门，骇相告曰：“选侍欲垂帘处光斗，汝等何得晏然？”涟曰：“无之。”出皇极门，九卿科道议上公疏，未决。
初五日传闻欲缓移宫期。涟及诸大臣毕集慈庆宫门外，涟语从哲趣之。从哲曰：“迟亦无害。”涟曰：“昨以皇长子就太子宫犹可，明日为天子，乃反居太子宫以避宫人乎？即两宫圣母如在，夫死亦当从子。选侍何人，敢欺藐如此！”时中官往来如织，或言选侍亦顾命中人。涟斥之曰：“诸臣受顾命于先帝，先帝自欲先顾其子，何尝先顾其嬖媵？请选侍于九庙前质之，若曹岂食李家禄者？能杀我则已，否则，今日不移死不去。”一燝、嘉谟助之，词色俱厉，声彻御前。皇长子使使宣谕，乃退。复抗疏言：“选侍阳托保护之名，阴图专擅之实，宫必不可不移。臣言之在今日，殿下行之在今日，诸大臣赞决之，亦惟今日。”其日，选侍遂移宫，居仁寿殿。明日庚辰，熹宗即位。自光宗崩，至是凡六日。涟与一燝、嘉谟定宫府危疑，言官惟光斗助之，余悉听涟指。涟须发尽白，帝亦数称忠臣，未几，迁兵科都给事中。御史冯三元等极诋熊廷弼，涟疏谕其事，独持平。旋劾兵部尚书黄嘉善八大罪，嘉善罢去。
当选侍之移宫也，涟即言于诸大臣曰：“选侍不移宫，非所以尊天子。既移宫，又当有以安选侍。是在诸公调护，无使中官取快私仇。”既而诸奄果为流言。御史贾继春遂上书内阁，谓不当于新君御极之初，首劝主上以违忤先帝，逼逐庶母，表里交构，罗织不休，俾先帝玉体未寒，遂不能保一姬女。盖是时，选侍宫奴刘逊、刘朝、田诏等以盗宝系狱，词连选侍父。诸奄计无所出，则妄言选侍投缳，皇八妹入井，以荧惑朝士。继春藉其言，首发难。于是光斗上疏述移宫事。而帝降谕言选侍气殴圣母，及要挟传封皇后，与即日欲垂帘听政语，又言：“今奉养李氏于哕鸾宫，尊敬不敢怠。”大学士从哲封还上谕。帝复降谕言选侍过恶，而自白赡养优厚，俾廷臣知。未几，哕鸾宫灾。帝谕内阁，言选侍暨皇八妹无恙。而是时，给事中周朝瑞谓继春生事，继春与相诋諆，乃复上书内阁，有：“伶仃之皇八妹，入井谁怜；孀寡之未亡人，雉经莫诉”语。朝瑞与辨驳者再。涟恐继春说遂滋，亦上《敬述移宫始末疏》，且言：“选侍自裁，皇八妹入井，蜚语何自，臣安敢无言。臣宁使今日忤选侍，无宁使移宫不速，不幸而成女后独览文书、称制垂帘之事。”帝优诏褒涟志安社稷，复降谕备述宫掖情事。继春及其党益忌涟，诋涟结王安，图封拜。涟不胜愤，冬十二月抗章乞去，即出城候命。帝复褒其忠直而许之归。天启元年春，继春按江西还，抵家，见帝诸谕，乃具疏陈上书之实。帝切责，罢其官。涟、继春先后去，移宫论始息。
天启二年起涟礼科都给事中，旋擢太常少卿。明年冬，拜左佥都御史。又明年春，进左副都御史。而是时魏忠贤已用事，群小附之，惮众正盈朝，不敢大肆。涟益与赵南星、左光斗、魏大中辈激扬讽议，务植善类，抑憸邪。忠贤及其党衔次骨，遂兴汪文言狱，将罗织诸人。事虽获解，然正人势日危。其年六月，涟遂抗疏劾忠贤，列其二十四大罪，言：
高皇帝定令，内官不许干预外事，只供掖廷洒扫，违者法无赦。圣明在御，乃有肆无忌惮，浊乱朝常，如东厂太监魏忠贤者。敢列其罪状，为陛下言之。
忠贤本市井无赖，中年净身，夤入内地，初犹谬为小忠、小信以幸恩，继乃敢为大奸、大恶以乱政。祖制