欲之训，陛下试自省，果无欲耶？寡欲耶？语云：‘欲人勿闻，莫若勿为。’陛下诚宜翻然自省，加意培养。”当是时，帝方壮龄，留意声色游宴，谓元标刺己，怒甚，降旨谯责。首辅时行以元标己门生，而劾罢其姻学谟，亦心憾，遂谪南京刑部照磨。就迁兵部主事。召改吏部，进员外郎，以病免。起补验封。陈吏治十事，民瘼八事，疏几万言。文选缺员外郎，尚书宋纟熏请用元标，久不获命，纟熏连疏趣之。给事中杨文焕、御史何选亦以为言。帝怒，诘责纟熏，谪文焕、选于外，而调元标南京。刑部尚书石星论救，亦被谯让。元标居南京三年，移疾归。久之，起本部郎中，不赴。旋遭母忧，里居讲学，从游者日众，名高天下。中外疏荐遗佚，凡数十百上，莫不以元标为首。卒不用。家食垂三十年。
光宗立，召拜大理卿。未至，进刑部右侍郎。天启元年四月还朝，首进和衷之说，言：“今日国事，皆二十年诸臣酝酿所成。往者不以进贤让能为事，日锢贤逐能，而言事者又不降心平气，专务分门立户。臣谓今日急务，惟朝臣和衷而已。朝臣和，天地之和自应。向之论人论事者，各怀偏见，偏生迷，迷生执，执而为我，不复知有人，祸且移于国。今与诸臣约，论一人当惟公惟平，毋轻摇笔端，论一事当惩前虑后，毋轻试耳食，以天下万世之心，衡天下万世之人与事，则议论公，而国家自享安静和平之福。”因荐涂宗浚、李邦华等十八人。帝优诏褒纳。居二日，复陈拔茅阐幽、理财振武数事，及保泰四规。且请召用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐，而恤录罗大纮、雒于仁等十五人。帝亦褒纳。
初，元标立朝，以方严见惮，晚节务为和易。或议其逊初仕时，元标笑曰：“大臣与言官异。风裁踔绝，言官事也。大臣非大利害，即当护持国体，可如少年悻动耶？”时朋党方盛，元标心恶之，思矫其弊，故其所荐引不专一途。尝欲举用李三才，因言路不与，元标即中止。王德完讥其首鼠，元标亦不较。南京御史王允成等以两人不和，请帝谕解。元标言：“臣与德完初无纤芥，此必有人交构其间。臣尝语朝士曰：‘方今上在冲岁，敌在门庭，只有同心共济。倘复党同伐异，在国则不忠，在家则不孝。世自有无偏无党之路，奈何从室内起戈矛耶？’”帝嗣位已久，而先朝废死诸臣犹未赠恤，元标再陈阐幽之典，言益恳切。
其年十二月改吏部左侍郎。未到官，拜左都御史。明年，典外察，去留惟公。御史潘汝桢、过庭训雅有物议，及庭训秩满，汝桢注考溢美。元标疏论之，两人并引疾去。已，言丁已京察不公，专禁锢异己，请收录章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由是诸臣多获昭雪。又言：“明诏收召遗佚，而诸老臣所处犹是三十年前应得之官，宜添注三品崇秩，昭陛下褒尊耆旧至意。”帝纳其言。于是两京太常、太仆、光禄三卿各增二员。
孙慎行之论“红丸”也，元标亦上疏曰：“乾坤所以不毁者，惟此纲常；纲常所以植立者，恃此信史。臣去年舟过南中，南中士大夫争言先帝猝然而崩，大事未明，难以传信。臣初不谓然。及既入都，为人言先帝盛德，宜速登信史。诸臣曰：‘言及先帝弥留大事，令人阁笔，谁敢领此？’臣始有疑于前日之言。元辅方从哲不伸讨贼之义，反行赏奸之典，即谓无其心，何以自解于世？且从哲秉政七年，未闻建树何事，但闻马上一日三趣战，丧我十万师徒。讯问谁秉国成，而使先帝震惊，奸人闯宫，豺狼当路，憸邪乱政？从哲何词以对？从来惩戒乱贼，全在信史。失今不成，安所底止。”时刑部尚书黄克缵希内廷意，群小和之，而从哲世居京师，党附者众，崔文升党复弥缝于内，格慎行与众议，皆不得伸。未几，慎行及王纪偕逐，元标疏救，不听。
元标自还朝以来，不为危言激论，与物无猜。然小人以其东林也，犹忌之。给事中硃童蒙、郭允厚、郭兴治虑明年京察不利己，潜谋驱逐。会元标与冯从吾建首善书院，集同志讲学，童蒙首请禁之。元标疏辨求去，帝已慰留，允厚复疏劾，语尤妄诞。而魏忠贤方窃柄，传旨谓宋室之亡由于讲学，将加严谴。叶向高力辨，且乞同去，乃得温旨。兴治及允厚复交章力攻，兴治至比之山东妖贼。元标连疏请益力，诏加太子少保，乘传归。陛辞，上《老臣去国情深疏》，历陈军国大计，而以寡欲进规，人为传诵。四年，卒于家。明年，御史张讷请毁天下讲坛，力诋元标，忠贤遂矫旨削夺。崇祯初，赠太子太保、吏部尚书，谥忠介。
童蒙等既劾元标，遂得罪清议，寻以年例外迁。及忠贤得志，三人并召还。岁余，允厚至户部尚书、太子太保。童蒙至右副都御史，巡抚延绥，母死不持服，为忠贤建生祠。兴治亦加至太仆卿。忠贤败，三人并丽逆案云。
孙慎行，字闻斯，武进人。幼习闻外祖唐顺之绪论，即嗜学。万历二十三年举进士第三人，授编修，累官左庶子。数请假里居，键户息交，覃精理学。当事请见，率不纳。有以政事询者，不答。
四十一年五月，由少詹事擢礼部右侍郎，署部事。当是时，郊庙大享诸礼，帝二十余年不躬亲，东宫辍讲至八年，皇长孙九龄未就外傅，瑞王二十