帝大怒。阶皇恐谢罪，不能守前议。帝又使阶往邯郸落成吕仙祠。阶不欲行，乃以议祔庙解，得缓期。至寇逼城，帝益懈，乃使尚书顾可学行，而内衔阶。摘思忠元旦贺表误，廷杖之百，斥为民，以怵阶。嵩因谓阶可间也，中伤之百方。一日独召对，语及阶，嵩徐曰：“阶所乏非才，但多二心耳。”盖以其尝请立太子也。阶危甚，度未可与争，乃谨事嵩，而益精治斋词迎帝意，左右亦多为地者。帝怒渐解。未几，加少保，寻进兼文渊阁大学士，参预机务。密疏发咸宁侯仇鸾罪状。嵩以阶与鸾尝同直，欲因鸾以倾阶。及闻鸾罪发自阶，乃愕然止，而忌阶益甚。
帝既诛鸾，益重阶，数与谋边事。时议减鸾所益卫卒，阶言：“不可减。又京营积弱之故，卒不在乏而在冗，宜精汰之，取其廪以资赏费。”又请罢提督侍郎孙禬。帝始格于嵩，久而皆用之。一品满三载，进勋，为柱国，再进兼太子太傅、武英殿大学士。满六载，兼食大学士俸，再录子为中书舍人，加少傅。九载，改兼吏部尚书。赐宴礼部，玺书褒谕有加。帝虽重阶，稍示形迹。尝以五色芝授嵩，使练药，谓阶政本所关，不以相及。阶皇恐请，乃得之。帝亦渐委任阶，亚于嵩。
杨继盛谕嵩罪，以二王为徵，下锦衣狱。嵩属陆炳究主使者。阶戒炳曰：“即不慎，一及皇子，如宗社何！”又为危语动嵩曰：“上惟二子，必不忍以谢公，所罪左右耳。公奈何显结宫邸怨也。”嵩忄双惧，乃寝。倭躏东南，帝数以问阶，阶力主发兵。阶又念边卒苦饥，请收畿内麦数十万石，自居庸输宣府，紫荆输大同。帝悦，密传谕行之。杨继盛之劾嵩也，嵩固疑阶。赵锦、王宗茂劾嵩，阶又议薄其罚。及是给事中吴时来、主事董传策、张翀劾嵩不胜，皆下狱。传策，阶里人；时来、翀，阶门生也。嵩遂疏辨，显谓阶主使，帝不听。有所密询，皆舍嵩而之阶。寻加太子太师。
帝所居永寿宫灾，徙居玉熙殿，隘甚，欲有所营建，以问嵩。嵩请还大内，帝不怿。问阶，阶请以三殿所余材，责尚书雷礼营之，可计月而就。帝悦，如阶议。命阶子尚宝丞璠兼工部主事，董其役，十旬而功成。帝即日徙居之，命曰万寿宫。以阶忠，进少师，兼支尚书俸，予一子中书舍人。子璠亦超擢太常少卿。嵩乃日屈。嵩子世蕃贪横淫纵状亦渐闻，阶乃令御史邹应龙劾之。帝勒嵩致仕，擢应龙通政司参议。阶遂代嵩为首辅。已而帝念嵩供奉劳，怜之。又以调去，忽忽不乐，乃降谕，欲退而修真且传嗣，复责阶等奈何以官与邪物，谓应龙也。阶言：“退而传嗣，臣等不敢奉命。应龙之转，乃二部奉旨行之。”帝乃已。
帝以嵩在直久，而世蕃顾为奸于外，因命阶无久直。阶窥帝意，言苟为奸，在外犹在内，固请入直。帝以嵩直庐赐阶。阶榜三语其中曰：“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论。”于是朝士侃侃，得行其意。袁炜数出直，阶请召与共拟旨。因言：“事同众则公，公则百美基；专则私，私则百弊生。”帝颔之。阶以张孚敬及嵩导帝猜刻，力反之，务以宽大开帝意。帝恶给事御史抨击过当，欲有所行遣。阶委曲调剂，得轻论。会问阶知人之难，阶对曰：“大奸似忠，大诈似信。惟广听纳，则穷凶极恶，人为我撄之；深情隐慝，人为我发之。故圣帝明王，有言必察。即不实，小者置之，大则薄责而容之，以鼓来者。”帝称善。言路益发舒。
寇由墙子岭入，直趋通州。帝方祠釐，兵部尚书杨博不敢奏，谋之阶，檄宣府总兵官马芳、宣大总督江东入援。芳兵先至，阶请亟赏之，又请重东权，俾统诸道兵。寇从通掠香河，阶请亟备顺义，而以奇兵邀之古北口。寇趋顺义，不得入，乃走古北口。其后军遇参将郭琥伏而败，颇得其所掠人畜辎重。始帝怒博不早闻与总督杨选之任寇入也，欲罪之未发。阶言：“博虽以祠釐禁不敢闻，而二镇兵皆其所先檄。若选则非尾寇，乃送之出境耳。”帝竟诛选，不罪博。进阶建极殿大学士。
袁炜以疾归，道卒，阶独当国。屡请增阁臣，且乞骸骨。乃命严讷、李春芳入阁，而待阶益隆。以一品十五载考，恩礼特厚，复赐玉带、绣蟒、珍药。帝手书问阶疾，谆恳如家人，阶益恭谨。帝或有所委，通夕不假寐，应制之文，未尝逾顷刻期。帝日益爱阶。阶采舆论利便者，白而行之。嘉靖中叶，南北用兵。边镇大臣小不当帝指，辄逮下狱诛窜，阁臣复窃颜色为威福。阶当国后，缇骑省减，诏狱渐虚，任事者亦得以功名终。于是论者翕然推阶为名相。
严讷请告归，命郭朴、高拱入阁，与春芳同辅政，事仍决于阶。阶数请立太子，不报。已而景王之籓，病薨，阶奏夺景府所占陂田数万顷还之民，楚人大悦。帝欲建雩坛及兴都宫殿，阶力止之。鄢懋卿骤增盐课四十万金，阶风御史请复故额。方士胡大顺等劝帝饵金丹，阶力陈其矫诬状，大顺等寻伏法。帝服饵病躁，户部主事海瑞极陈帝失，帝恚甚，欲即杀之，阶力救得系。帝病甚，忽欲幸兴都，阶力争乃止。未几，帝崩。阶草遗诏，凡斋醮、土木、珠宝、织作悉罢，“大礼”大狱、言事得罪诸臣悉牵复之。诏下，朝野号恸感激，比之杨廷和所拟登极诏书，为世宗始终盛事云。