移大猷宁、台诸郡参将。会贼破宁波昌国卫，大猷击却之。复攻陷绍兴临山卫，转掠至松阳。知县罗拱辰力御贼，而大猷邀诸海，斩获多，竟坐失事停俸。未几，逐贼海中，焚其船五十余，予俸如故。越二年，贼据宁波普陀。大猷率将士攻之，半登，贼突出，杀武举火斌等三百人，坐戴罪办贼。俄败贼吴淞所，诏除前罪，仍赉银币。贼自健跳所入掠，大猷运战破之。旋代汤克宽为苏松副总兵。所将卒不三百人，徵诸道兵未集，贼犯金山，大猷战失利。时倭屯松江枯林者盈二万，总督张经趣之战，大猷固不可。及永顺、保靖兵稍至，乃从经大破贼于王江泾，功为赵文华、胡宗宪所攘，不叙。坐金山失律，谪充为事官。
柘林倭虽败，而新倭三十余艘突青村所，与南沙、小乌口、浪港诸贼合，犯苏州陆泾坝，直抵娄门，败南京都督周于德兵。贼复分为二，北掠浒墅，南掠横塘，延蔓常熟、江阴、无锡之境，出入太湖。大猷偕副使任环大败贼陆泾坝，焚舟三十余。又遮击其自三丈浦出海者，沉七艘，贼乃退泊三板沙。顷之，他倭犯吴江。大猷及环又邀破之莺脰湖，贼走嘉兴。
三板沙贼掠民舟将遁，大猷追击于马迹山，擒其魁。金泾、许浦、白茅港贼俱出海，大猷追击于茶山，焚五舟。贼走保马迹山、三板沙，将士复追及，坏其三舟。江阴蔡港倭亦去，官兵分击于马迹、马图、宝山。值飓风作，贼舟多覆。柘林倭亦为官兵所击沉二十余舟，余贼退登陆。已，复泛舟出海。大猷及佥事董邦政分击，获九舟。而贼又遭风坏三舟，余三百人登岸，走据华亭陶宅镇，屡败赵文华等大军。夜屯周浦永定寺，官兵四集进围之。而柘林失风贼九舟巢于川沙洼，纠合至四十余艘，势犹未已。巡抚曹邦辅劾大猷纵贼，帝怒，夺其世廕，责取死罪招，立功自赎。时周浦贼围急，乘夜东北奔，为游击曹克新所邀，斩首百三十，遂与川沙洼贼合。诸军日夜击海。大猷偕副使王崇古入洋追之，及于老鹳觜，焚巨舰八，斩获无算。余贼奔上海浦东。
初，以倭患急，特命都督刘远为浙江总兵官，兼辖苏、松诸郡，数月无所为。廷臣争言大猷才。三十五年三月遂罢远，以大猷代。贼犯西庵、沈庄及清水洼。大猷偕邦政击败之，贼走陶山，诏还世廕。贼自黄浦遁出海，大猷追败之。其年冬，以与平徐海功，加都督佥事。海既平，浙西倭悉靖。独宁波舟山倭负险，官兵环守不能克。是时土兵狼兵悉已遣归，而川、贵所调麻寮、大剌、镇溪、桑植兵六千始至。大猷乘大雪，四面攻之。贼死战，杀土官一人。诸军益竞，进焚其栅，贼多死，其逸出者复殪，贼尽平。加大猷署都督同知。
明年，胡宗宪方图汪直，用卢镗言将与通市，大猷力争不可。及直诱入下吏，其党毛海峰等遂据舟山，阻岑港自守。大猷环攻之，时小胜。然苦仰攻，将士先登多死，新倭又大至。朝廷趣宗宪甚急，宗宪谩为大言以对。廷臣竞诋宗宪，并劾大猷。乃夺大猷及参将戚继光职，期一月内平贼。大猷等惧，攻益力，贼益死守。三十七年七月乃自岑港移柯梅，造舟成，泛海去。大猷等横击之，沈其一舟，余贼遂扬帆而南，流劫闽、广。大猷先后杀倭四五千，贼几平。而官军围贼已一年，宗宪亦利其去，阴纵之，不督诸将邀击。比为御史李瑚所劾，则委罪大猷纵贼以自解。帝怒，逮系诏狱，再夺世廕。
陆炳与大猷善，密以己资投严世蕃解其狱，令立功塞上。大同巡抚李文进习其才，与筹军事。乃造独轮车拒敌马。尝以车百辆，步骑三千，大挫敌安银堡。文进上其制于朝，遂置兵车营。京营有兵车，自此始也。文进将袭板升，谋之大猷，果大获，诏还世廕。寇掠广武，大猷拒却之。先论平汪直功，许除罪录用。及是，镇篁有警，川湖总督黄光升荐大猷，即用为镇篁参将。
广东饶平贼张琏数攻陷城邑，积年不能平。四十年七月诏移大猷南赣，合闽、广兵讨之。时宗宪兼制江西，知琏远出，檄大猷急击。大猷谓：“宜以潜师捣其巢，攻其必救，奈何以数万众从一夫浪走哉？”乃疾引万五千人登柏嵩岭，俯瞰贼巢。琏果还救，大猷连破之，斩首千二百余级。贼惧，不出。用间诱琏出战，从阵后执之，并执贼魁萧雪峰。广人攘其功，大猷不与较。散余党二万，不戮一人。擢副总兵，协守南、赣、汀、漳、惠、湖诸郡。遂乘胜征程乡盗，走梁宁，擒徐东洲。林朝曦者，独约黄积山大举。官军攻斩积山，朝曦遁，后亦为徐甫宰所灭。大猷寻擢福建总兵官，与戚继光复兴化城，共破海倭。详《继光传》。继光先登，受上赏，大猷但赉银币。
四十二年十月徙镇南赣。明年改广东。潮州倭二万与大盗吴平相掎角，而诸峒蓝松三、伍端、温七、叶丹楼辈日掠惠、潮间。闽则程绍录乱延平，梁道辉扰汀州。大猷以威名慑群盗，单骑入绍禄营，督使归峒，因令驱道辉归，两人卒为他将所灭。惠州参将谢敕与伍端、温七战，失利。以“俞家军”至，恐之，端乃驱诸酋以归。无何，大猷果至，七被擒。端自缚，乞杀倭自效。大猷使先驱，官军继之，围倭邹塘，一日夜克三巢，焚斩四百有奇，又大破之海丰。倭悉奔崎沙、甲子诸澳，夺渔舟入海。舟多没于风，脱者二千余人，还保海