当死，以平扬、楚功，得流。岁余，为御史中丞，复为来俊臣所构。将就刑，神色不动，前死者宗室子三十余，尸相枕藉於前，元忠顾曰：“大丈夫行居此矣。”俄敕凤阁舍人王隐客驰骑免死，传声及于市，诸囚欢叫，元忠独坚坐，左右命起，元忠曰：“未知实否。”既而隐客至，宣诏已，乃徐谢，亦不改容。流费州。复为中丞。岁余，陷侯思止狱，仍放岭南。酷吏诛，人多讼元忠者，乃召复旧官。因侍宴，武后曰：“卿累负谤铄，何邪？”对曰：“臣犹鹿也，罗织之吏如猎者，苟须臣肉为之羹耳，彼将杀臣以求进，臣顾何辜？”
圣历二年，为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事，俄检校并州长史、天兵军大总管，以备突厥。迁左肃政台御史大夫，兼检校洛州长史，治号威明。张易之家奴暴百姓，横甚，元忠笞杀之，权豪惮服。俄为陇右诸军大使，以讨吐蕃；又为灵武道行军大总管御突厥。元忠驭军持重，虽无赫然功，而亦未尝败。
中宗在东宫，为检校左庶子。时二张势倾朝廷，元忠尝奏曰：“臣承先帝之顾，且受陛下厚恩，不能徇忠，使小人在君侧，臣之罪也。”易之等恨怒，因武后不豫，即共谮元忠与司礼丞高戬谋挟太子为耐久朋，遂下制狱。诏皇太子、相王及宰相引元忠等辨於廷，不能决。昌宗乃引张说为证，说初伪许之，至是迫使言状，不应，后又促之，说曰：“臣不闻也。”易之等遽曰：“说与同逆。说曩尝谓元忠为伊、周。夫伊尹放太甲，周公摄王位。此反状明甚。”说曰：“易之、昌宗安知伊、周，臣乃能知之。伊尹、周公，历古以为忠臣，陛下不遣学伊、周，将何效焉？”说又曰：“臣知附易之朝夕可宰相，从元忠则族灭。今不敢面欺，惧元忠之冤。”后寤其谗，然重违易之，故贬元忠高要尉。
中宗复位，召为卫尉卿、同中书门下三品。不阅旬，迁兵部尚书，进侍中。武后崩，帝居丧，军国事委元忠裁可，拜中书令，封齐国公。神龙二年，为尚书右仆射，知兵部尚书，当朝用事，群臣莫敢望。谒告上冢，诏宰相诸司长官祖道上东门，赐锦袍，给千骑四人侍，赐银千两。元忠到家，於亲戚无所赈施。及还，帝为幸白马寺迎劳之。
安乐公主私请废太子，求为皇太女，帝以问元忠，元忠曰：“公主而为皇太女，驸马都尉当何名？”主恚曰：“山东木强安知礼？阿母子尚为天子，我何嫌？”宫中谓武后为阿母子，故主称之。元忠固称不可，自是语塞。
武三思用事，京兆韦月将、渤海高轸上书言其恶，帝搒杀之，后莫敢言。王同皎谋诛三思，不克，反被族。元忠居其间，依违无所建明。初，元忠相武后，有清正名，至是辅政，天下倾望，冀干正王室，而稍惮权幸，不能赏善罚恶，誉望大减。陈郡男子袁楚客者以书规之曰：
今皇帝新服厥德，任官惟贤才，左右惟其人，因以布大化，充古谊，以正天下。君侯安得事循默哉？苟利社稷，专之可也。夫安天下者先正其本，本正则天下固，国之兴亡系焉。太子天下本，譬之大树，无本则枝叶零悴，国无太子，朝野不安。储君有次及之势，故师保教以君人之道，用蕴崇其德，所以重天下也。今皇子既长，未定嫡嗣，是天下无本。天下无本，犹树而亡根，枝叶何以存乎？愿君侯以清宴之间言於上，择贤而立之，此安天下之道。旷而不置，朝廷一失也。
女有内则，男有外傅，岂相滥哉？幕府者，丈夫之职。今公主并开府置吏，以女处男职，所谓长阴抑阳也，而望阴阳不愆、风雨时若，得乎？此朝廷二失也。
今度人既多，缁衣半道，不本行业，专以重宝附权门，皆有定直。昔之卖官，钱入公府，今之卖度，钱入私家。以兹入道，徒为游食。此朝廷三失也。
唯名与器，不可以假人。故曰：“天工，人其代之。”夫代天，非材不可也。代非其人，必失天意。失天意而无患祸，未之有也。今倡优之辈，因耳目之好，遂授以官，非轻朝廷、乱正法邪？人君无私，私怒害物，私赏费财，况私人以官乎？此朝廷四失也。
贤者邦家之光，任之致治，弃之生乱。近诏博求多士，虽有好贤之名，无得贤之实。盖有司选士，非贿即势，上失天心，下违人望，非为官择吏，乃为人择官。葛洪有言：“举秀才，不知书；察孝廉，浊如泥；高第贤良吝如。此朝廷五失也。
阉竖者，给宫掖扫除事，古以奴隶畜之。中古以来，大道乖丧，疏贤哲，亲近习，乃委之以事，授之以权。故竖刁乱齐，伊戾败宋。君侧之人，众所畏惧，所谓鹰头之蝇、庙垣之鼠者也。后汉时用事尤甚，晚节卒乱天下。今大君中兴，独有阉竖坐升班秩，既无正阙，率授员外，乃盈千人，绾青紫，耗府藏。前事之验，后事之师。此朝廷六失也。
古者茅茨采椽，以俭约遗子孙，所以爱力也。今公主所赏倾库府，所造皆官供，其疏筑台沼，崇峙观庑，山无本石，木无近产，造之终岁，功用不绝。夫为君所以养人，非以害人，今外戚不助养而反害之，是使人主受谤天下。此朝廷七失也。
官以安人，非以害于人也。先王欲人治必选材，欲人安必省事，此诚同天下忧也。人有乐，君共之，君有