章甾京师侍皇太子。一日，与皇太子嬉殿外，皇太子欲负合剌章，辞曰：“合剌章奴也。皇太子使长也，奴不敢今使长负。”皇太子怒挞之，合剌章啼。声闻于帝，问之左右，具以事对，帝太息曰：“贤哉！此子也。”奇皇后因奏曰：“脱脱忠臣，不宜久在外。”帝颔之，会佛郎国贡天马，置马群中，高大如骆驼。帝曰：“人中有脱脱，马中有天马，皆一时杰出者也。”时哈麻在侧，闻之，以为脱脱旦夕复相，因乘间荐脱脱之贤。帝曰：“彼学罪汝，杖汝一百七，奈何荐之？”对曰：“彼杖臣，臣之罪也。何怨之有。”奇皇后于殿屏后闻之，阴使人至甘州召脱脱。脱脱至京师，未见帝，皇后伺帝有喜色，因谓合剌章曰：“汝亦思汝父脱脱否？”合剌章跪曰：“思之。”帝谓皇后曰：“脱脱今何在？而汝使思之邪！”皇后起谢曰：“脱脱去国日久，思见至尊，今闻共至都矣。”帝遂使人召入，正色问曰：“我使汝侍汝父于甘州，谁召汝来耶？”皇后为之失色，脱脱徐对曰：“陛下使臣侍父，今臣父已卒，葬事毕，故来尔。”帝遽起抱之，相与泣下，翌日，遂有太傅之命。
九年，丞相朵尔只、太平皆罢，复命脱脱为右丞相，兼领本堂事，于是脱脱引用乌古孙良桢、龚伯璲、汝中伯、伯帖木儿等为官属，委以腹心，无钜细悉与之谋，省臣奉行文牍而已。帝以吴直方有协赞功，由长史超授集贤大学士，御史王士点劾其躐进，直方亦力辞，乃止。
脱脱用吏部尚书偰哲笃言，更至正交钞，诏廷臣集议。祭酒吕思诚亟言不可，脱脱不从，事具《思诚传》。参议孛罗帖木儿、都水监传佐，建议于都城外开河置闸，放浑河水引船至丽正门外，可运西山煤，省薪刍负担之费。脱脱从之，役丁夫数万，迄无成功，孛罗帖木儿、传佐俱论死。然脱脱勇于任事，终不以此自悔。
时黄河决白茅堤，又决金堤，五年不能塞。脱脱用贾鲁计塞之，请身任其责，奏以贾鲁为工部尚书，总治河防，使役河南北民十七万，筑决堤成，使复故道。凡八月功竣，事见《河渠志》。帝嘉其功，赐世袭答剌罕号，又敕儒臣欧阳玄制《河平碑》以纪之。仍赐淮安路为食邑。郡邑长吏听其自用。
是时，汝、颖盗起，以红巾为号，蔓延襄、樊、唐、邓间。十一年，脱脱奏以弟御史大夫也先帖木儿为知枢密院事，将禁卫兵讨之。驻沙河，也先帖木儿素庸懦，军中夜惊，左右鞚马请留，也先帖木儿拔刀斫之曰：“我非性命耶！”乃先遁，大军遂一时奔溃。也先帖木儿弃辎重，收散卒万余人，抵开封城外，文济王蛮子在城上，遥谓之曰：“汝为大将，未见敌而奔，吾将劾汝，不能令汝入城。”乃屯于朱仙镇。朝廷以脱脱故，不之罪，诏他将代之。也先帖木儿径归，仍为御史大夫。陕西行台监察御史二十人，劾其丧师辱国。脱脱听弟言，迁西台御史大夫朵儿只班为湖广平章政事，除十二人，各府添设判官，以杜言者之口。监察御史及河南分御史台、行院、廉访司，巩昌总帅府、陕西都府义兵万户府，复承旨交章言也先帖木儿有功，诏赏金带、金挺各一，银挺千、钞五千贯、布帛百匹。脱脱又用龚伯璲等兴大狱，以谋害大臣杀高昌亦都护及御史大夫韩嘉纳，由是为时论所不与。
十二年，红巾贼芝麻李据徐州，众数万，僭号称王。脱脱请自将讨之。师次徐州，攻其西门。贼出战，以铁翎箭射中脱脱马首。脱脱不为动。麾军击败之，入其郛。翌日，贼弃城遁。遂复徐州。民大悦，请于朝。愿为建生祠，从之。帝又为脱脱立勋德碑，遣大使加脱脱太师，趣回朝，凯旋，赐上尊、珠衣、白金、宝鞍，皇太子赐燕私第。
十三年二月，脱脱用右丞乌古孙良桢、右丞悟良哈台议，屯田京畿，以良桢等兼大司农卿，而自领大司农事。西至山，东至迁民镇，南至保定、河间，北至檀、顺等州，凡官地屯田，皆募江南农夫佃种之，岁大稔。故海运不通。而京师之食自足。
时张士诚据高邮，号召江淮，梗南北运道，连年用兵弗克。十四年，诏脱脱总制诸军讨之，一切听便宜行事，台、省、院诸司听选官属从行，西域、土悉皆发兵来会，旌旗千里，出师之盛，前所未有。次济宁，遣官诣阙里祀孔子，过邹县，祀孟子。十一月，至高邮，连战皆捷。又用董搏霄计，分兵克天长、六合，贼势大蹙。进破高邮外城，士诚震惧，自分亡在旦夕，俄有诏，罪其劳师费财，以河南行省左丞相太不花、中书平章政事月阔察儿、知枢密院事雪雪代将其兵，削脱脱官爵，安置淮安路。
先是，脱脱深德哈麻，引为中书右丞。是时，汝中柏由左司郎中参议中书省事，平章以下曲意事之，议事莫敢异同。唯哈麻不为之下，中柏因谮哈麻于脱脱，改为宣政院使，故哈麻衔之。及脱脱将出师，中柏为治书侍御史，使辅也先帖木儿。中柏恐哈麻为后患，请去之。脱脱犹豫不决，令与也先帖木儿谋之，也先帖木儿不从。哈麻知之，乃谮脱脱于皇太子及奇皇后，谓脱脱不欲授皇子册宝，俟正宫皇后生子立之，皇后及皇太子皆大怒。会也先帖木儿移疾家居，监察御史袁赛因不花等承哈麻风旨