细务而行有司之事，外至监司、守令职任，率为其上所侵而不能令其下。故豪猾玩官府，郡县忽省部，掾属凌长吏，贱人轻柄臣。平居未见其患，一旦有急，谁与指麾而伸缩之邪？如曰臣下权任太重，惧其不能无私，则有给、舍以出纳焉，有台谏以救正焉，有侍从以询访焉。傥得端方不倚之人分处之，自无专恣之虑，何必屈至尊以代其劳哉？人之关鬲脉络少有壅滞，久则生疾。陛下于左右虽不劳操制，苟玩而弗虑，则声势浸长，趋附浸多，过咎浸积，内则惧为陛下所遣而益思壅蔽，外则惧为公议所疾而益肆诋排。愿陛下虚心以求天下之士，执要以总万事之机。勿以图任或误而谓人多可疑，勿以聪明独高而谓智足遍察，勿详于小而忘远大之计，勿忽于近而忘壅蔽之萌。」
又言：「国朝治体，有远过前代者，有视前代为未备者。夫以宽大忠厚建立规模，以礼逊节义成就风俗，此所谓远过前代者也。故于俶扰艰危之后，驻跸东南逾五十年，无纤毫之虞，则根本之深可知矣。然文治可观而武绩未振，名胜相望而干略未优，故虽昌炽盛大之时，此病已见。是以元昊之难，范、韩皆极一时之选，而莫能平殄，则事功之不竞从可知矣。臣谓今日治体视前代未备者，固当激厉而振起。远过前代者，尤当爱护而扶持。」
迁著作郎，以末疾，请祠归。先是，书肆有书曰《圣宋文海》，孝宗命临安府校正刊行。学士周必大言：《文海》去取差谬，恐难传后，盍委馆职铨择，以成一代之书？孝宗以命祖谦。遂断自中兴以前，崇雅黜浮，类为百五十卷，上之，赐名《皇朝文鉴》。
诏除直秘阁。时方重职名，非有功不除，中书舍人陈爓驳之。孝宗批旨云：「馆阁之职，文史为先。祖谦所进，采取精详，有益治道，故以宠之，可即命词。」爓不得已草制。寻主管冲祐观。明年，除著作郎兼国史院编修官。卒，年四十五。谥曰成。
祖谦学以关、洛为宗，而旁稽载籍，不见涯涘。心平气和，不立崖异，一时英伟卓荦之士皆归心焉。少卞急，一日，诵孔子言：「躬自厚而薄责于人」，忽觉平时忿懥涣然冰释。朱熹尝言：「学如伯恭，方是能变化气质。」其所讲画，将以开物成务，既卧病，而任重道远之意不衰。居家之政，皆可为后世法。修《读诗记》、《大事记》，皆未成书。考定《古周易》、《书说》、《阃范》、《官箴》、《辨志录》、《欧阳公本末》，皆行于世。晚年会友之地曰丽泽书院，在金华城中，既殁。郡人即而祠之。子延年。
蔡元定，字季通，建州建阳人。生而颖悟，八岁能诗，日记数千言。父发，博览群书，号牧堂老人，以程氏《语录》、邵氏《经世》、张氏《正蒙》授元定，曰：「此孔、孟正脉也。」元定深涵其义。既长，辨析益精。登西山绝顶，忍饥啖荠读书。
闻朱熹名，往师之。熹扣其学，大惊曰：「此吾老友也，不当在弟子列。」遂与对榻讲论诸经奥义，每至夜分。四方来学者，熹必俾先从元定质正焉。太常少卿尤袤、秘书少监杨万里联疏荐于朝，召之，坚以疾辞。筑室西山，将为终焉之计。
时韩侂胄擅政，设伪学之禁，以空善类。台谏承风，专肆排击，然犹未敢诵言攻朱熹。至沈继祖、刘三杰为言官，始连疏诋熹，并及元定。元定简学者刘砺曰：「化性起伪，乌得无罪！」未几，果谪道州。州县捕元定甚急，元定闻命，不辞家即就道。熹与从游者数百人饯别萧寺中，坐客兴叹，有泣下者。熹微视元定，不异平时，因喟然曰：「友朋相爱之情，季通不挫之志，可谓两得矣。」元定赋诗曰：「执手笑相别，无为儿女悲。」众谓宜缓行，元定曰：「获罪于天，天可逃乎？」杖屦同其子沉行三千里，脚为流血，无几微见言面。
至舂陵，远近来学者日众，州士子莫不趋席下以听讲说。有名士挟才简傲、非笑前修者，亦心服谒拜，执弟子礼甚恭。人为之语曰：「初不敬，今纳命。」爱元定者谓宜谢生徒，元定曰：「彼以学来，何忍拒之？若有祸患，亦非闭门塞窦所能避也。」贻书训诸子曰：「独行不愧影，独寝不愧衾，勿以吾得罪故遂懈。」一日，谓沉曰：「可谢客，吾欲安静，以还造化旧物。」阅三日卒。侂胄既诛，赠迪功郎，赐谥文节。
元定于书无所不读，于事无所不究。义理洞见大原，下至图书、礼乐、制度，无不精妙。古书奇辞奥义，人所不能晓者，一过目辄解。熹尝曰：「人读易书难，季通读难书易。」熹疏释《四书》及为《易》、《诗》传、《通鉴纲目》，皆与元定往复参订。《启蒙》一书，则属元定起稿。尝曰：「造化微妙，惟深于理者能识之，吾与季通言而不厌也。」及葬，以文诔之曰：「精诣之识，卓绝之才，不可屈之志，不可穷之辩，不复可得而见矣。」学者尊之曰西山先生。
其平生问学，多寓于熹书集中。所著书有《大衍详说》、《律吕新书》、《燕乐》、《原辩》、《皇极经世》、《太玄潜虚指要》、《洪范解》、《八阵图说》，熹为之序。
子渊、沉，皆躬耕不仕。渊有《周易训解》。