宿卫之士，拱扈至尊而已，宰相下马非其处，所应诃止。」帝卒为杖卫士，斥内侍，安石犹不平。王韶开熙河奏功，帝以安石主议，解所服玉带赐之。
七年春，天下久旱，饥民流离，帝忧形于色，对朝嗟叹，欲尽罢法度之不善者。安石曰：「「水旱常数，尧、汤所不免，此不足招圣虑，但当修人事以应之。」帝曰：「此岂细事，朕所以恐惧者，正为人事之未修尔。今取免行钱太重，人情咨怨，至出不逊语。自近臣以至后族，无不言其害。两宫泣下，忧京师乱起，以为天旱，更失人心。」安石曰：「近臣不知为谁，若两宫有言，乃向经、曹佾所为尔。」冯京曰：「臣亦闻之。」安石曰：「士大夫不逞者以京为归，故京独闻其言，臣未之闻也。」监安上门郑侠上疏，绘所见流民扶老携幼困苦之状，为图以献，曰：「旱由安石所致。去安石，天必雨。」侠又坐窜岭南。慈圣、宣仁二太后流涕谓帝曰：「安石乱天下。」帝亦疑之，遂罢为观文殿大学士、知江宁府，自礼部侍郎超九转为吏部尚书。
吕惠卿服阕，安石朝夕汲引之，至是，白为参知政事，又乞召韩绛代己。二人守其成谟，不少失，时号绛为「传法沙门」，惠卿为「护法善神」。而惠卿实欲自得政，忌安石复来，因郑侠狱陷其弟安国，又起李士宁狱以倾安石。绛觉其意，密白帝请召之。八年二月，复拜相，安石承命，即倍道来。《三经义》成，加尚书左仆射兼门下侍郎，以子雱为龙图阁直学士。雱辞，惠卿劝帝允其请，由是嫌隙愈著。惠卿为蔡承禧所击，居家俟命。雱风御史中丞邓绾，复弹惠卿与知华亭县张若济为奸利事，置狱鞫之，惠卿出守陈。
十月，彗出东方，诏求直言，及询政事之未协于民者。安石率同列疏言：「晋武帝五年，彗出轸；十年，又有孛。而其在位二十八年，与《乙巳占》所期不合。盖天道远，先王虽有官占，而所信者人事而已。天文之变无穷，上下傅会，岂无偶合。周公、召公，岂欺成王哉。其言中宗享国日久，则曰'严恭寅畏，天命自度，治民不敢荒宁'。其言夏、商多历年所，亦曰'德'而已。裨灶言火而验，欲禳之，国侨不听，则曰'不用吾言，郑又将火'。侨终不听，郑亦不火。有如裨灶，未免妄诞，况今星工哉？所传占书，又世所禁，誊写伪误，尤不可知。陛下盛德至善，非特贤于中宗，周、召所言，则既阅而尽之矣，岂须愚瞽复有所陈。窃闻两宫以此为忧，望以臣等所言，力行开慰。」帝曰：「闻民间殊苦新法。」安石曰：「祁寒暑雨，民犹怨咨，此无庸恤。」帝曰：「岂若并祁寒暑雨之怨亦无邪？」安石不悦，退而属疾卧，帝慰勉起之。其党谋曰：「今不取上素所不喜者暴进用之，则权轻，将有窥人间隙者。」安石是其策。帝喜其出，悉从之。时出师安南，谍得其露布，言：「中国作青苗、助役之法，穷困生民。我今出兵，欲相拯济。」安石怒，自草敕榜诋之。
华亭狱久不成，雱以属门下客吕嘉问、练亨甫共议，取邓绾所列惠卿事，杂他书下制狱，安石不知也。省吏告惠卿于陈，惠卿以状闻，且讼安石曰：「安石尽弃所学，隆尚纵横之末数，方命矫令，罔上要君。此数恶力行于年岁之间，虽古之失志倒行而逆施者，殆不如此。」又发安石私书曰：「无使上知」者。帝以示安石，安石谢无有，归以问雱，雱言其情，安石咎之。雱愤恚，疽发背死。安石暴绾罪，去「为臣子弟求官及荐臣婿蔡卞」，遂与亨甫皆得罪。绾始以附安石居言职，及安石与吕惠卿相倾，绾极力助攻惠卿。上颇厌安石所为，绾惧失势，屡留之于上，其言无所顾忌；亨甫险薄，谄事雱以进，至是皆斥。
安石之再相也，屡谢病求去，及子雱死，尤悲伤不堪，力请解几务。上益厌之，罢为镇南军节度使、同平章事、判江宁府。明年，改集禧观使，封舒国公。屡乞还将相印。元丰二年，复拜左仆射、观文殿大学士。换特进，改封荆。哲宗立，加司空。
元祐元年，卒，年六十六，赠太傅。绍圣中，谥曰文，配享神宗庙庭。崇宁三年，又配食文宣王庙，列于颜、孟之次，追封舒王。钦宗时，杨时以为言，诏停之。高宗用赵鼎、吕聪问言，停宗庙配享，削其王封。
初，安石训释《诗》、《书》、《周礼》，既成，颁之学官，天下号曰「新义」。晚居金陵，又作《字说》，多穿凿傅会。其流入于佛、老。一时学者，无敢不传习，主司纯用以取士，士莫得自名一说，先儒传注，一切废不用。黜《春秋》之薯，不使列于学官，至戏目为「断烂朝报」。
安石未贵时，名震京师，性不好华腴，自奉至俭，或衣垢不浣，面垢不洗，世多称其贤。蜀人苏洵独曰：「是不近人情者，鲜不为大奸慝。」作《辩奸论》以刺之，谓王衍、卢杞合为一人。
安石性强忮，遇事无可否，自信所见，执意不回。至议变法，而在廷交执不可，安石傅经义，出己意，辩论辄数百言，众不能诎。甚者谓「天变不足畏，祖宗不足法，人言不足恤。」罢黜中外老成人几尽，多用门下儇慧少年。久之，以旱引去，洎复相，岁馀罢，终神宗世不复召，凡八年。