，擒其北大王之子一人，帐前舍利一人，斩数百级，获马二千、器甲甚众。捷奏，且归功汉赟。
端拱元年冬，拜工部侍郎。辽人又自大石路南侵，齐贤预简厢兵千人为二部，分屯繁畤、崞县。下令曰：「代西有寇，则崞县之师应之；代东有寇，则繁畤之师应之。比接战，则郡兵集矣。」至是，果为繁畤兵所败。
二年，置屯田，领河东制置言方田都部署，入拜刑部侍郎、枢密副使。淳化二年夏，参知政事，数月，拜吏部侍郎、同中书门下平章事。齐贤母孙氏年八十余，封晋国太夫人，每人谒禁中，上叹其福寿、有令子，多手诏存问，加赐与，搢绅荣之。
初，王延德与朱贻业同掌京庾，欲求补外，贻业与参政李沆有姻娅，托之以请于沆，沆为请于齐贤，齐贤以闻。太宗以延德尝事晋邸。怒其不自陈而干祈执政，召见诘责。延德、贻业皆讳不以实对，齐贤不欲累沆，独任其责。四年六月，罢为尚书左丞。十月，命知定州，以母老不愿往，未几，丁内艰，水浆不入口者七日，自是日啖粥一器，终丧不食酒肉蔬果。寻复转礼部尚书、知河南府。时狱有大辟将决，齐贤至，立辨而释之。三日，徙知永兴军。时阁门祗候赵赞以言事得幸，提点关中刍粮，所为多豪横。齐贤论列其罪，卒抵于法。俄徙襄州，移荆南，又徙安州。逾年，加刑部尚书。
真宗即位，召拜兵部尚书、同中书门下平章事。尝从容为上言皇王之道，而推本其所以然，且言：「臣受陛下非常恩，故以非常为报。」上曰：「朕以为皇王之道非有迹，但庶事适治道则近之矣。」时戚里有分财不均者更相讼，又入宫自诉。齐贤曰：「是非台府所能决，臣请自治。」上俞之。齐贤坐相府，召讼者问曰：「汝非以彼所分财多、汝所分少乎？」曰：「然。」命具款。乃召两吏，令甲家入乙舍，乙家入甲舍，货财无得动，分书则交易之。明日奏闻，上大悦曰：「朕固知非君莫能定者。」郊祀，加门下侍郎。与李沆同事，不相得。坐冬至朝会被酒失仪，免相。
四年，李继迁陷清远军，命为泾、原等州军安抚经略使，以右司谏梁颢为之副。齐贤上言谓：「清远军陷没以来，青冈砦烧弃之后，灵武一郡，援隔势孤，此继迁之所觊觎而必至者也。以事势言之，加讨则不足，防遏则有余。其计无他，蕃部大族首领素与继迁有隙者，若能啖以官爵，诱以货利，结之以恩信，而激之以利害，则山西之蕃部族帐，靡不倾心朝廷矣。臣所领十二州军，见二万余人，若缘边料柬本城等军，更得五万余人，招致蕃部，其数又逾十数万。但彼出则我归，东备则西击，使之奔走不暇，何能为我患哉？今灵武军民不翅六七万，陷于危亡之地，若继迁来春于我兵未举之前，发兵救援灵武，尽驱其众，并力攻围，则灵州孤城必难固守。万一失陷，贼势益增，纵多聚甲兵，广积财货，亦难保必胜矣。臣所以乞封潘罗支为六谷王而厚以金帛者，恐继迁旦暮用兵断彼卖马之路也。苟朝廷信使得达潘罗支，则泥埋等族、西南远蕃，不难招集。西南既廪命，而缘边之势张，则鄜、延、环、庆之浅蕃，原、渭、震戎之熟户，自然归化。然后使之与对替甲兵及驻泊军马互为声援，则万山闻之，必不敢于灵州、河西顿兵矣。万山既退，则贺兰蕃部亦稍稍叛继迁矣。若曰名器不可以假人，爵赏不可以滥及，此乃圣人为治之常道，非随时变易之义也。」
齐贤又请调江淮、荆湘丁壮八万以益防御，朝议以为动摇，兼泽国人民，远戍西鄙亦非便，计遂寝。
齐贤又言：「灵州斗绝一隅，当城镇完全、碛路未梗之时，中外已言合弃，自继迁为患已来，危困弥甚。南去镇戎约五百余里，东去环州仅六七日程，如此畏途，不须攻夺，则城中之民何由而出，城中之兵何由而归？欲全军民，理须应接。为今之计，若能增益精兵，以合西边屯驻、对替之兵，从以原、渭、镇戎之师，率山西熟户从东界而入，严约师期，两路交进。设若继迁分兵以应敌，我则乘势而易攻。且奔命途道，首尾难卫，千里趋利，不败则禽。臣谓兵锋未交，而灵州之围自解。然后取灵州军民，而置砦于萧关、武延川险要处以侨寓之，如此则蕃汉士人之心有所依赖。裁候平宁，却归旧贯，然后纵蕃汉之兵，乘时以为进退，则成功不难矣。」时不能用。未几，灵武果陷。
闰十二月，拜右仆射、判汾州，不行，改判永兴军兼马步军部署。时薛居正子惟吉妻柴氏无子早寡，尽畜其货产及书籍论告，欲改适齐贤。惟吉子安上诉其事，上不欲置于理，命司门员外郎张正伦就讯，柴氏所对与安上状异。下其事于御史，乃齐贤子太子中舍宗诲教柴氏为词。齐贤坐责太常卿、分司西京，宗诲贬海州别驾。
景德初，起为兵部尚书、知青州。上幸澶渊，命兼青、淄、潍州安抚使。二年，改吏部尚书。上疏言曰：「臣在先朝，常忧灵、夏两镇终为继迁并吞，言事者以臣所虑为太过，略举既往之事以明本末。当时臣下皆以继迁只是怀恋父祖旧地，别无他心，先帝与以银州廉察，庶满其意。尔后攻劫不已，直至降麟、府州界八部族蕃酋，又胁制贺兰山下