王敦举兵於武昌，以诛刘隗为名，龙骧将军沈充帅众应之。三月，征征西将军戴若思、镇北将军刘隗还卫京都。刘隗军于金城，右将军周礼守石头，帝被甲徇六师於郊外。遣平南将军陶侃领江州，安南将军甘卓领荆州，各帅所统，以蹑敦後。夏四月，敦前锋攻石头，周礼开城应贼，奋威将军侯礼死之。敦据石头，戴若思、刘隗帅众攻之，王导、周ダ、郭逸、虞潭等三道出战，六军败绩。尚书令刁协奔于江垂，为贼所害。镇北将军刘隗奔于石勒。帝遣使谓敦曰：“公若不忘本朝，於此息兵，则天下尚可安也。如其不然，朕当归於琅琊，以避贤路。”辛未，大赦。敦自为丞相、都督中外诸军、录尚书事，封武昌郡公，邑万户。十一月己丑，帝崩於内殿，在位六年，时年四十七，葬平陵，庙号中宗。
孙盛《晋阳秋》曰：昔秦始皇东游，望气者云：“五百年後，东南金陵之地有天子气。”於是始皇改曰秣陵。吴人以为：孙权，帝之表也。盛案：始皇游岁至权僭号四百三十七年，考之年数既不合，校之基守又非伦，岂应帝王之符而见兆於上代乎？有晋金行，奄君四海，金陵之祥，其在斯乎？且秦政东游，至是五百二十六年，所谓“五百年之後当有王者”也。又孙皓将亡，吴郡临芜湖，一夜草木自除，於湖边得石函，中有小石，青白色，长四尺，广二寸馀，上有白帝字。时人莫察其祥意者，岂中宗兴五湖之征欤？太康三年，建业有寇，馀姚人任振以《周易》筮之曰：“寇已灭矣，後三十八年，扬州当有天子。”又太安中童谣曰：“五马浮渡江，一马化为龙。”永嘉大乱，王室沦覆，惟琅琊、西阳、汝南、南顿、彭城五王获济，至是中宗登祚。先是，岁、镇、辰、太白四星聚於牛、斗之间，五铎又见于晋陵，置数玄感，若合符契焉。又初元石图有牛继马後，故宣帝深忌牛氏，遂为二眩共一口以贮酒。帝先饮佳者，以毒者鸩其将牛金，而恭王妃夏氏通小吏牛饮，而生元帝，亦有符云。
《世说》曰：元帝始过江，谓顾骠骑曰：“寄人国事，志常怀惭。”荣跪答曰：“臣闻王者天下为家，是以秋毫无定处，九鼎迁洛邑，愿陛下无以迁都为念。”
又曰：元帝正会，引丞相王导登御床，王公既固辞，中宗引之弥苦。文献曰：“使太阳与万物同晖，臣下何以仰瞻？”
明皇帝
《晋书》曰：明皇帝讳绍，字道畿，元皇帝长子也。幼而聪哲，为元帝所宠异。年数岁，尝坐置膝前，属长安使来，因问帝曰：“汝谓日与长安孰远？”对曰：“长安近。不闻人从日边来，居然可知也。”元帝异之。明日，宴群寮，又问之。对曰：“日近。”元帝失色，曰：“何乃异间者之言？”对曰：“举目则见日，不见长安。”由是益奇之。建兴初，拜东中郎将，镇广陵。元帝为晋王，及即帝位为皇太子。性至孝，有文武才略。永昌元年闰月己丑，元帝崩。庚寅，太子即皇帝位，大赦。尊所生荀氏为皇太后。大宁元年三月戊寅朔，改元，临轩，停飨宴之礼，县而不乐。二年夏五月，王敦矫诏拜其子应为武卫将军，兄含为骠骑大将军。帝所亲信常从督公乘雄、冉曾并为敦所害。六月，敦将举兵内向，帝密知之，乃乘巴滇骏马微行，至於湖，阴察敦营垒而出。军士疑帝非常人。又敦昼寝，梦日环其城，惊起曰：“此必黄须鲜卑奴来也。”帝母荀氏，燕代人，帝状类外氏，须黄，敦故谓帝云。於是使五骑物色追帝。帝亦驰去，仅以获免。秋七月壬申朔，敦遣其兄含及钱凤、周抚、邓岳等水陆五万，至於南岸。温峤移屯水北，烧朱爵桁，以挫其锋。帝躬帅六军，出次南堂。至癸酉夜，募壮士，遣将军段秀、中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、锺寅等甲卒千人渡水，掩其未备，平旦，战於越城，大破之，斩其前锋将何康。王敦愤惋而死。三年春二月戊戌，复三族刑，惟不及妇人。三月戊辰，立皇太子衍为皇太子，大赦，增文武位二等，大腥日，赐鳏寡孤独帛，人二匹。闰八月壬午，帝不豫，召太宰、西阳王义，司徒王导，尚书令卞海车骑将军郄鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹阳尹温峤并受遗诏，辅太子。戊子，帝崩於东堂。在位三年，时年二十七，葬武平陵，庙号肃祖。
《晋阳秋》曰：明帝文武鉴断，初在东宫，敬礼贤士，昵近明德。自王导、庾亮、温峤、桓彝、阮放皆见亲侍，分好绸缪，雅好辞章，谈论辩，明理义。与二三君子并著诗论，粲然可观。于时，东宫号为多士。王敦既平，思求民瘼，诏尚书令、仆射、尚书曰：“吾饥於餐直言，渴於求亮正，想诸君达此怀矣。予违汝弼尧舜之相君臣，吾虽虚暗，庶不距逆耳之谈。稷契之任，诸君居之矣。望共勖之！”
《世说》曰：晋明帝欲起池台，元帝不许之。明帝为太子，好养武士，夕中作池，比晓便成，即今谓太子池是也。
成皇帝
《晋书》曰：成皇帝讳衍，字世根，明帝长子也。大宁三年三月戊辰，立为皇太子。闰月戊子，明帝崩。己丑，太子即皇帝位，大赦，增文武位二等，赐鳏寡孤老帛，人二匹，尊皇后庾氏为皇太后。秋七月癸卯，皇太后临朝称制。咸和元年春二月丁亥，大赦，改元，大形迦眨赐鳏寡孤老米，人二斛。二年十一月，豫州刺史祖约、历阳太守苏峻等反。十二月辛亥，