“有臣如此而不用，朕之过也！”三月，上御宏政门召见，应对称旨，擢礼科给事中，赐糕果汤饼。
公既拜官，五月中条上三十疏，上每采纳。十一月，东方告急，公受诏分守德胜门。自元勋以下，惮公不敢归休沐。时宰相大贪婪，都御史黄宗周有“长安黄金贵”之疏。宰相惧，卸其罪于言官，又欲引用逆辅口口相表里为奸恶。公上疏极论罪在大臣，不在言官，并及涿州知府刘三聘疏荐口口事，触首辅怒。又有“上谕：代人规卸、为人出缺，陛下果何见而云然？”及“二十四气蜚语，腾闻清禁，此必大奸巨憝恶言官不利于己”等语。上大怒，闰十一月二十三日，御皇极门召见群臣，谓：“破鬯粒敢于诘问朕何所见，二十四气之说，不知所指何人何事？着革职，锦衣卫拿送北镇抚司打问！”时行人司熊开元面劾首辅，既以补牍语不相应，同时下狱，几死，后并得赦。
初，公下北镇抚司狱三日，勺水不得入口。冰雪交积，公僵卧土室，无袱被，身婴三木，血流贯械。九卿台省屡疏救，不报。此处缺二十二字例凡一拶敲五十，一夹敲五十，杖二十，名曰一套。公既备刑，谳狱者必欲得二十四人姓名以报上。公以诸人皆正人，恐祸不已，忍死弗肯列。气垂绝，唯以指染口血书“死”字，卧阶下。半日稍苏，清宏令尉灌酒一杯，使毕谳。公终不肯承。
疏入，上大怒，谓考击缓，情实未当，诘责卫司官令再讯，一拶一夹，各敲八十，杖三十。俄出密谕一小纸曰：“姜啤⑿芸元即取毕命，只云病故。”卫臣骆养性具奏，有曰：“即二臣当死，陛下何不付所司书其罪，使天下明知二臣之罚？若生杀出匿等，天下后世谓陛下何如主？”又密言于诸大臣。而都御史刘宗周上殿力争，自辰至午不肯退。上怒其执拗，非对君礼，将下宥司治罪。既矜其耄，特革职，放归田。佥都御史金公光宸奏宗周清直，愿以身代宗周。上怒，以为雷同罔上，夺职谪籍。而兵部侍郎马公元飙、都给事吴公麟征，开陈大指，婉辞规劝，上心为少移，旋出密旨谕卫司缴昨旨毋行。于是公及开元始得移刑部狱矣。
刑部尚书徐公石麟拟附近充军。上怒。公、开元各杖一百。
是日，特遣大曹化淳、王德化监视，众官朱衣陪列午门外西墀下。左中使、右锦衣卫各三十员，下列旗校百人，皆衣襞衣，执木棍。宣读毕，一人持麻布兜，自肩脊下束之，左右不得动。一人缚其两足，四面牵曳，唯露股受杖。头面触地，地尘满口中。杖数折，公昏绝不知人。
弟垓，时官行人，口含溺吐公饮之。名医吕邦相夜视公，曰：“杖青痕过膝者不治，吾以刀割创处，七日而痛，为君贺矣！”半月，去败肉斗许，乃苏。邦相曾活黄公道周廷杖，京师号“君子医”也。
大复命。上曰：“二臣顾何言？”曰：“二臣言皇帝尧、舜，臣得为关龙逢、比干足矣。”上曰：“两人舌强犹尔！”
明年春，莱阳破，公父死于难。垓请身系狱，而释乒橹紊ィ不许。台省亦交章请释公。上曰：“垓在！”七月疫，上命刑部清狱，公暂出。上召见刑部，以墨笔叉啤⒖元名，曰：“此两大恶，奈何释之！”于是再入狱。十二月，首辅伏诛，有新参请释二臣者。上曰：“朕怒二臣，岂为罪辅哉？”不许。
甲申正月，闯贼猖獗，阁臣李建泰奉命督师山西。上御正阳门，行推毂礼。建泰请释啤⒖元，上报可，谪公戍宣州卫。
公过故乡，哭光禄公。闻京师陷，上殉社稷，公恸哭。南之戍所。未至，弘光即位，赦，公遂留吴门，不肯归。会马士英、阮大铖用事。大铖往被垓劾，必杀公兄弟。复窜走。丁亥，避地徽州，绝食。樵子宋心老时以菜羹啖之。或徒步数十里，走吴孝廉家得一饱。祝发黄山丞相园，而自号“敬亭山人”，盖不敢忘先帝不杀恩也。
后还吴门，终僧服，不与世人接。二子安节、实节，才，亦不令进取。戊子，奉母归莱阳。母疾甚，公默祷，愿减算延母。
山东巡抚重公名，下檄招公。公故坠马以折股，召疡医，竹舁之。使者归报。公夜驰还江南，自号“宣州老兵”。尝欲结庐敬亭山，未果。癸丑夏，公疾病，呼二子谓曰：“吾受命谪戍。今遭世变，流离异乡，生不能守先墓，死不能正首丘，抱恨于中心。吾当待尽宣州，以绝吾志。”越数日，则曰：“吾不能往矣！死必埋我敬亭之麓。”口吟《易箦歌》一章，呕血数升而殁，时年六十有七。遗命碑碣神主不题故官，棺用薄材，不营佛事。二子皆遵行之。葬敬亭日，远近吊者如市。同人私谥曰“贞毅先生”。
公隐居后，多著述，自选所为诗文，刻《敬亭集》藏于家，绝不示人。传甲乙以来殉节诸贤曰《正气集》，自题己亥后诗文曰《o集》，又著《纪事摘缪》。皆藏之。
魏禧曰：公有赠禧序及见怀诸诗，皆未出。公死，而公二子乃写寄禧山中也。予客吴门，数信宿公。每阴雨，公股足骨发痛，步趾微跛踌。哀哉！北镇抚司狱廷杖、立枷诸制，此秦法所未有，始作俑者，罪可胜道哉！宣城沈寿民曰：谥法：秉德不回曰孝。经曰：事君不忠，非孝也。公死不忘君，全而归之，可以为孝矣，宜谥曰贞孝”。
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